Generation of expressed sequence tags by RAP-PCR: identification of new genes in human breast cancer model

• Grant number: 97/04213-4
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Doctorate
• Start date: August 01, 1997
• End date: February 28, 2001
• Field of knowledge: Biological Sciences - Biochemistry - Molecular Biology
• Principal Investigator: Ricardo Renzo Brentani
• Grantee: Ricardo Garcia Corrêa
• Host Institution: Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer (ILPC). São Paulo , SP, Brazil

Abstract

O câncer de mama é um dos tipos de câncer que mais acomete a população feminina do mundo inteiro. Apesar dos atuais avanços da Medicina na busca por tratamentos preventivos e curativos deste quadro maligno, restam muitas dúvidas sobre a sua origem e consequente evolução. Recentemente (1997), o National Institute of Health (USA) propôs um projeto pioneiro que visa a caracterização molecular da evolução do câncer, denominado CGAP (Cancer Genome Anatomy Project). Uma das técnicas utilizadas neste projeto visa a geração de "etiquetas de sequências expressas" (ESTs) para a identificação de novos genes. As ESTs são sequências relativamente pequenas (100 a 400 pares de bases), resultantes do sequenciamento parcial de clones de bibliotecas de cDNA, que carregam "impressões digitais" de genes específicos do genoma celular. A principal limitação da metodologia atual de geração de ESTs (sequenciamento a partir das porções finais 5' e/ou 3' do cDNA) é a baixa eficiência na identificação de genes raros e/ou pouco expressos. Os fatores que promovem esta baixa eficiência são (i) a redundância da expressão gênica, ou seja, na maioria das vezes, não há uma normalização das sub-populações de mRNA presentes, oriundas de genes diferencialmente expressos e (i i) o elevado sequenciamento de regiões não-conservadas do gene (porções 5' e 3' não-traduzíveis), o que dificulta a análise de homologia a genes já descritos. A técnica de RAP-PCR (RNA arbitrarily primed PCR), baseada na amplificação de sequências nucleotídicas parcialmente complementares a primers arbitrários em condições de baixa estringência, tem mostrado resultados muito favoráveis na geração de ESTs. Ao contrário da metodologia convencional, as ESTs produzidas por RAP-PCR representam, com maior frequência, regiões de open reading frames, muito mais informativas na identificação gênica. Graças a complexidade dos genes pouco expressos, há uma parcial normalização dos cDNAs presentes, favorecendo ainda mais a identificação de novos genes. Surpreendentemente, apesar das vantagens da RAP-PCR na geração de ESTs, esta técnica tem sido aplicada somente na busca de novos genes em Schistosoma mansoni e Trypanosoma brucei. Até o presente momento, a RAP-PCR não foi utilizada na descoberta de novos genes em outros Projetos Genoma. Neste projeto, pretendemos gerar ESTs por RAP-PCR em câncer de mama e, consequentemente, identificar novos genes neste modelo tumoral. Estas informações serão fundamentais para um maior entendimento sobre a carcinogênese e a evolução do câncer de mama, além da possível identificação de novos marcadores tumorais. (AU)

Academic Publications

(References retrieved automatically from State of São Paulo Research Institutions)

CORRÊA, Ricardo Garcia. Generation of \Expressed sequence labels\ directed to coding portions of genes (Ores): identification of new human genes expressed in breast cancer. 2001. Doctoral Thesis - Universidade de São Paulo (USP). Conjunto das Químicas (IQ e FCF) (CQ/DBDCQ) São Paulo.