Mitochondrial genomics and molecular phylogeny of Schizophora (Diptera: Brachycera) using next generation sequencing

• Grant number: 08/56769-2
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Post-Doctoral
• Start date: January 01, 2009
• End date: December 31, 2011
• Field of knowledge: Biological Sciences - Genetics - Animal Genetics
• Principal Investigator: Ana Maria Lima de Azeredo-Espin
• Grantee: Ana Carolina Martins Junqueira
• Host Institution: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brazil

Abstract

O mtDNA animal é uma molécula duplo-fita circular com múltiplas cópias, 15 a 20 kb e herança uniparental materna. Com 37 genes, o mtDNA possui tRNAs, rRNAs, genes codificadores de proteína e a região controle (RC) com função regulatória disponibilizando um conjunto de dados conciso para a reconstrução filogenética, além de permitir a formação de subconjuntos que podem resolver relações em diferentes níveis taxonômicos. A ordem Diptera é muito diversa, com cerca de 12% das espécies animais conhecidas. Dentre as questões controversas sobre a filogenia de dípteros, uma das mais intrigantes reside nas relações de Schizophora, que compreende a maior radiação de insetos do período Terciário. O sequenciamento do genoma mitocondrial de dez espécies deste grupo possibilitará reconstruir as relações entre superfamílias e famílias, além de permitir uma abordagem molecular acerca da monofilia dos grupos Calyptratae e Acalyptratae que são as duas subdivisões clássicas de Schizophora. As sequências geradas, associadas aos mtDNAs de dípteros disponíveis ainda permitirão expandir as análises comparativas, assim como investigar a duplicação do tRNAIIe encontrada nas famílias Cailiphoridae e Muscidae, a fim de determinar se a RC do mtDNA é um "hot spot" para rearranjos. A utilização da tecnologia 454 de pirosequenciamento propiciará a obtenção de sequências em larga escala, fazendo deste o primeiro projeto a avaliar o sequenciamento massivo e paralelo de mtDNAs de insetos no mundo. A genômica mitocondrial produzirá informações valiosas para o entendimento da evolução de organismos e seus genomas. (AU)

Scientific publications

(References retrieved automatically from Web of Science and SciELO through information on FAPESP grants and their corresponding numbers as mentioned in the publications by the authors)

JUNQUEIRA, ANA CAROLINA M.; AZEREDO-ESPIN, ANA MARIA L.; PAULO, DANIEL F.; MARINHO, MARCO ANTONIO T.; TOMSHO, LYNN P.; DRAUTZ-MOSES, DANIELA I.; PURBOJATI, RIKKY W.; RATAN, AAKROSH; SCHUSTER, STEPHAN C.. Large-scale mitogenomics enables insights into Schizophora (Diptera) radiation and population diversity. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, FEB 25 2016. (12/23200-2, 08/56769-2, 10/09961-5)

MARINHO, M. A. T.; JUNQUEIRA, A. C. M.; PAULO, D. F.; ESPOSITO, M. C.; VILLET, M. H.; AZEREDO-ESPIN, A. M. L.. Molecular phylogenetics of Oestroidea (Diptera: Calyptratae) with emphasis on Calliphoridae: Insights into the inter-familial relationships and additional evidence for paraphyly among blowflies. Molecular Phylogenetics and Evolution, v. 65, n. 3, p. 840-854, DEC 2012. (08/56769-2)

MARINHO, M. A. T.; JUNQUEIRA, A. C. M.; AZEREDO-ESPIN, A. M. L.. Evaluation of the internal transcribed spacer 2 (ITS2) as a molecular marker for phylogenetic inference using sequence and secondary structure information in blow flies (Diptera: Calliphoridae). Genetica, v. 139, n. 9, p. 1189-1207, 2011. (08/56769-2)