Study of protein interaction with RNA-binding domains and intronic ncRNAs involved in gene expression regulation processes

• Grant number: 09/15264-8
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Post-Doctoral
• Start date: November 01, 2009
• End date: May 31, 2013
• Field of knowledge: Biological Sciences - Biochemistry - Molecular Biology
• Principal Investigator: Sergio Verjovski Almeida
• Grantee: Kleber Simônio Parreira
• Host Institution: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brazil
• Associated research grant: 07/59168-7 - Functional characterizaton of intronic non-coding RNAs expressed in the human genome, AP.TEM

Abstract

Evidências de que o genoma humano é quase completamente transcrito em RNAs não-codificadores (ncRNAs) têm se acumulado (ENCODE-Project-Consortium, Birney et al. 2007) (Nakaya, Amaral et al. 2007). Postula-se que essas moléculas são fundamentais para a evolução de atributos eucarióticos complexos, como os observados em humanos. Entretanto pouco se conhece a respeito dos programas genéticos e moleculares que orquestram esses atributos durante a homeostase, ou como eles são perturbados durante o desenvolvimento de doenças. RNAs não-codificadores controlam a expressão gênica atuando em eventos transcricionais, pós-transcricionais e traducionais. Funções regulatórias podem estar sendo realizadas pelo próprio ncRNA, porém é mais provável que sejam desempenhadas através de interações com proteínas ligadoras de RNA (RBPs). Nesses complexos o ncRNA pode funcionar como um adaptador molecular que adiciona especificidade às funções regulatórias desempenhadas. Já foi mostrado, separadamente, que a expressão tanto de ncRNAs quanto de RBPs é perturbada em diversas doenças humanas como o câncer. Assim o estudo proposto aqui, almeja obter de forma sistemática mais evidências sobre a relação entre ncRNAs intrônicos e RBPs em processos de regulação da expressão gênica, e sua modificação em doenças como o câncer. Um estudo bastante interdisciplinar utilizando imunoprecipitação de RNAs (RIP), imunoprecipitação de cromatina (ChIP), análise de expressão gênica, bioinformática e ensaios funcionais de biologia celular foi desenhado e encontra-se brevemente descrito abaixo. Com isso visamos obter maiores informações tanto sobre os papéis celulares dos ncRNAs intrônicos, quanto sobre os mecanismos moleculares pelos quais eles os realizam. (AU)