Characterization of apparently balanced chromosomal rearrangements associated with clinical phenotypes: breakpoint mapping and screening for submicroscopic deletions and duplications

• Grant number: 09/03480-8
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Master
• Start date: August 01, 2009
• End date: July 31, 2011
• Field of knowledge: Biological Sciences - Genetics - Human and Medical Genetics
• Principal Investigator: Angela Maria Vianna Morgante
• Grantee: Ana Carolina dos Santos Fonseca
• Host Institution: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brazil
• Associated research grant: 98/14254-2 - The Human Genome Research Center, AP.CEPID

Abstract

Os rearranjos cromossômicos equilibrados são detectados em cerca de um a cada 500 nascimentos. Apesar de a maioria dos portadores desses rearranjos serem normais, cerca de 6,7% dos casos esporádicos estão associados a alterações fenotípicas. Esses quadros clínicos podem ser decorrentes da haploinsuficiência de genes interrompidos pelas quebras que originaram os rearranjos. O estudo dessas alterações cromossômicas pode assim revelar a associação entre determinados quadros clínicos e os genes alterados. Além disso, estudos recentes revelam que deleções e duplicações de segmentos submicroscópicos podem estar associadas a rearranjos aparentemente equilibrados e não necessariamente localizadas nos pontos de quebra que originaram os rearranjos. Desvendar a relação entre esses desequilíbrios cromossômicos e os quadros clínicos, assim como identificar os mecanismos de sua formação são desafios atuais. A proposta deste projeto é estudar um grupo de rearranjos cromossômicos aparentemente equilibrados cujos portadores têm alterações clínicas que levaram à realização do exame cromossômico. Os pontos de quebra desses rearranjos serão mapeados por hibridação in situ fluorescente (FISH). A busca por microdeleções e duplicações genômicas será realizada por array-CGH. Pretendemos assim identificar genes candidatos aos quadros clínicos dos pacientes.

Scientific publications

(References retrieved automatically from Web of Science and SciELO through information on FAPESP grants and their corresponding numbers as mentioned in the publications by the authors)

FONSECA, ANA CAROLINA S.; BONALDI, ADRIANO; BERTOLA, DEBORA R.; KIM, CHONG A.; OTTO, PAULO A.; VIANNA-MORGANTE, ANGELA M.. The clinical impact of chromosomal rearrangements with breakpoints upstream of the SOX9 gene: two novel de novo balanced translocations associated with acampomelic campomelic dysplasia. BMC MEDICAL GENETICS, v. 14, MAY 7 2013. (09/03480-8, 11/12486-0, 11/14293-4)

FONSECA, A. C. S.; BONALDI, A.; COSTA, S. S.; FREITAS, M. R.; KOK, F.; VIANNA-MORGANTE, A. M.. PLP1 duplication at the breakpoint regions of an apparently balanced t(X;22) translocation causes Pelizaeus-Merzbacher disease in a girl. Clinical Genetics, v. 83, n. 2, p. 169-174, FEB 2013. (09/03480-8, 09/00898-1, 98/14254-2)

Academic Publications

(References retrieved automatically from State of São Paulo Research Institutions)

FONSECA, Ana Carolina dos Santos. Characterization of apparently balanced chromosomal rearrangements associated with clinical phenotypes. 2011. Master's Dissertation - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Biociências (IBIOC/SB) São Paulo.