Functional characterization of totally intronic long noncoding RNAs (TiN RNAs) in cell processes related to tumorigenesis

• Grant number: 07/56390-0
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Doctorate (Direct)
• Start date: January 01, 2008
• End date: March 31, 2012
• Field of knowledge: Biological Sciences - Biochemistry - Molecular Biology
• Principal Investigator: Sergio Verjovski Almeida
• Grantee: Carlos Deocesano-Pereira
• Host Institution: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brazil
• Associated research grant: 02/13283-6 - Identification of molecular markers for cancer diagnosis and prognosis using DNA microarrays, AP.TEM

Abstract

Com a conclusão do projeto Genoma Humano, tornou-se factível a determinação do transcriptoma humano completo. Nesse contexto, enquanto apenas uma pequena fração de mRNAs codificadores para proteínas não é conhecida, há um grande número de RNAs não-codificadores (ncRNAs) funcionalmente não caracterizados. Recentemente nosso grupo de pesquisa descreveu um conjunto de RNAs que são longos, não-codificadores, e são expressos totalmente a partir de introns e com orientação oposta ao mRNA de genes codificadores (RNAs Totalmente Intrônicos Não-codificadores, TIN RNAs). O padrão de expressão para estes TIN RNAs correlaciona-se com o grau de diferenciação tumoral. Esse foi o primeiro relato da implicação de transcritos dessa natureza em uma doença, e além de ilustrar a complexidade do transcriptoma humano motiva a elaboração de hipóteses sobre possíveis funções biológicas destes transcritos no controle fino da expressão gênica. Estudos preliminares já foram realizados por nosso grupo a fim identificar TIN RNAs que sejam bons candidatos a caracterização de seu papel funcional. No presente projeto pretendemos superexpressar alguns TIN RNAs com expressão diminuída em tecidos tumorais, e que sejam transcritos em introns de genes codificadores de proteínas envolvidas com regulação da transcrição. Essas análises também se estenderão ao estudo de TIN RNAs que tenham expressão tecido-específica e para candidatos envolvidos no modelamento de splicing alternativo. Paralelamente realizaremos estudos através da técnica de RNAi utilizando sistemas de expressão baseados em adenovírus a fim de identificar a função de ncRNAs aumentados em tecidos tumorais. Avaliaremos o perfil de expressão global das células transfectadas com ambos os sistemas através da análise de expressão em larga escala por microarray, além de identificar o efeito da superexpressão e silenciamento desses ncRNAs sobre vias de regulação gênica. Buscaremos, finalmente, visualizar possíveis alterações no fenótipo tumoral associadas a esses eventos regulatórios, para inferir funcionalidade para esses TIN RNAs. Espera-se contribuir com um considerável avanço da compreensão do complexo programa transcricional humano. (AU)