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Geração de etiquetas de sequências expressas por RAP-PCR: identificação de novos genes humanos no modelo de câncer de mama
| Beneficiário: | Ricardo Garcia Corrêa
Outros projetos do(a) pesquisador(a)
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| Pesquisador responsável: | Ricardo Renzo Brentani
Outros projetos do(a) pesquisador(a)
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| Instituição: | Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer |
| Área do conhecimento: | Ciências Biológicas - Bioquímica |
| Linha de fomento: | Bolsas no Brasil - Doutorado |
| Processo: | 97/04213-4 |
| Vigência: | 01 de agosto de 1997 - 28 de fevereiro de 2001 |
| Assunto(s): | Biologia molecularNeoplasias mamáriasEtiquetas de sequências expressas (ESTs)RNA mensageiroTécnica de amplificação ao acaso de DNA polimórficoBolsas no Brasil - Doutorado |
Resumo
O câncer de mama é um dos tipos de câncer que mais acomete a população feminina do mundo inteiro. Apesar dos atuais avanços da Medicina na busca por tratamentos preventivos e curativos deste quadro maligno, restam muitas dúvidas sobre a sua origem e consequente evolução. Recentemente (1997), o National Institute of Health (USA) propôs um projeto pioneiro que visa a caracterização molecular da evolução do câncer, denominado CGAP (Cancer Genome Anatomy Project). Uma das técnicas utilizadas neste projeto visa a geração de "etiquetas de sequências expressas" (ESTs) para a identificação de novos genes. As ESTs são sequências relativamente pequenas (100 a 400 pares de bases), resultantes do sequenciamento parcial de clones de bibliotecas de cDNA, que carregam "impressões digitais" de genes específicos do genoma celular. A principal limitação da metodologia atual de geração de ESTs (sequenciamento a partir das porções finais 5' e/ou 3' do cDNA) é a baixa eficiência na identificação de genes raros e/ou pouco expressos. Os fatores que promovem esta baixa eficiência são (i) a redundância da expressão gênica, ou seja, na maioria das vezes, não há uma normalização das sub-populações de mRNA presentes, oriundas de genes diferencialmente expressos e (i i) o elevado sequenciamento de regiões não-conservadas do gene (porções 5' e 3' não-traduzíveis), o que dificulta a análise de homologia a genes já descritos. A técnica de RAP-PCR (RNA arbitrarily primed PCR), baseada na amplificação de sequências nucleotídicas parcialmente complementares a primers arbitrários em condições de baixa estringência, tem mostrado resultados muito favoráveis na geração de ESTs. Ao contrário da metodologia convencional, as ESTs produzidas por RAP-PCR representam, com maior frequência, regiões de open reading frames, muito mais informativas na identificação gênica. Graças a complexidade dos genes pouco expressos, há uma parcial normalização dos cDNAs presentes, favorecendo ainda mais a identificação de novos genes. Surpreendentemente, apesar das vantagens da RAP-PCR na geração de ESTs, esta técnica tem sido aplicada somente na busca de novos genes em Schistosoma mansoni e Trypanosoma brucei. Até o presente momento, a RAP-PCR não foi utilizada na descoberta de novos genes em outros Projetos Genoma. Neste projeto, pretendemos gerar ESTs por RAP-PCR em câncer de mama e, consequentemente, identificar novos genes neste modelo tumoral. Estas informações serão fundamentais para um maior entendimento sobre a carcinogênese e a evolução do câncer de mama, além da possível identificação de novos marcadores tumorais. (AU)
O câncer de mama é um dos tipos de câncer que mais acomete a população feminina do mundo inteiro. Apesar dos atuais avanços da Medicina na busca por tratamentos preventivos e curativos deste quadro maligno, restam muitas dúvidas sobre a sua origem e consequente evolução. Recentemente (1997), o National Institute of Health (USA) propôs um projeto pioneiro que visa a caracterização molecular da evolução do câncer, denominado CGAP (Cancer Genome Anatomy Project). Uma das técnicas utilizadas neste projeto visa a geração de "etiquetas de sequências expressas" (ESTs) para a identificação de novos genes. As ESTs são sequências relativamente pequenas (100 a 400 pares de bases), resultantes do sequenciamento parcial de clones de bibliotecas de cDNA, que carregam "impressões digitais" de genes específicos do genoma celular. A principal limitação da metodologia atual de geração de ESTs (sequenciamento a partir das porções finais 5' e/ou 3' do cDNA) é a baixa eficiência na identificação de genes raros e/ou pouco expressos. Os fatores que promovem esta baixa eficiência são (i) a redundância da expressão gênica, ou seja, na maioria das vezes, não há uma normalização das sub-populações de mRNA presentes, oriundas de genes diferencialmente expressos e (i i) o elevado sequenciamento de regiões não-conservadas do gene (porções 5' e 3' não-traduzíveis), o que dificulta a análise de homologia a genes já descritos. A técnica de RAP-PCR (RNA arbitrarily primed PCR), baseada na amplificação de sequências nucleotídicas parcialmente complementares a primers arbitrários em condições de baixa estringência, tem mostrado resultados muito favoráveis na geração de ESTs. Ao contrário da metodologia convencional, as ESTs produzidas por RAP-PCR representam, com maior frequência, regiões de open reading frames, muito mais informativas na identificação gênica. Graças a complexidade dos genes pouco expressos, há uma parcial normalização dos cDNAs presentes, favorecendo ainda mais a identificação de novos genes. Surpreendentemente, apesar das vantagens da RAP-PCR na geração de ESTs, esta técnica tem sido aplicada somente na busca de novos genes em Schistosoma mansoni e Trypanosoma brucei. Até o presente momento, a RAP-PCR não foi utilizada na descoberta de novos genes em outros Projetos Genoma. Neste projeto, pretendemos gerar ESTs por RAP-PCR em câncer de mama e, consequentemente, identificar novos genes neste modelo tumoral. Estas informações serão fundamentais para um maior entendimento sobre a carcinogênese e a evolução do câncer de mama, além da possível identificação de novos marcadores tumorais. (AU)
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Agente duplo
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