Transcriptoma da cana-de-açúcar

• Processo: 03/07244-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Parceria para Inovação Tecnológica - PITE
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2004
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2008
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Glaucia Mendes Souza
• Beneficiário: Glaucia Mendes Souza
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Município da Instituição Sede: São Paulo
• Empresa: Cooperativa de Produtores de Cana-de-Açúcar, Açúcar e Álcool do Estado de São Paulo (COPERSUCAR)
• Assunto(s): Plantas produtoras de açúcar Cana-de-açúcar
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cana-De-Acucar | Melhoramento Genetico | Microarrays De Cdna | Transcriptoma

Resumo

A produção de açúcar e álcool no Brasil seria largamente beneficiada com a introdução de variedades com maior teor de sacarose e mais resistentes a estresses bióticos e abióticos. O estabelecimento de tais variedades, utilizando-se técnicas de melhoramento genético tradicionais, é demorado. O processo poderia ser acelerado se fossem identificados genes-alvos para a obtenção do melhoramento. O recente seqüenciamento de 237 mil ESTs (Expressed Sequence Tags) da cana-de-açúcar oferece a oportunidade de estudar os seus níveis de expressão em larga escala, empregando-se a tecnologia de microarrays de cDNA. A análise do transcriptoma de variedades contrastantes de alto e baixo teor de açúcar, utilizando-se chips de DNA, poderá indicar genes envolvidos com a indução do acúmulo de sacarose ao longo da maturação da planta, apontando o caminho para a manipulação genética dessa gramínea. Além disso, uma análise global do transcriptoma dessa planta submetida a ataques de insetos, a interações com bactérias endofiticas, a estresse hídrico, entre outros fatores, seria extremamente valiosa para o programa de melhoramento. Este projeto pretende utilizar a tecnologia de microarrays de cDNA para a análise dos níveis de 6.528 transcritos em variedades da cana contrastantes para a acumulação de açúcar e submetidas às condições anteriormente mencionadas. O projeto prevê ainda a confecção de membranas de nailon contendo 3 mil clones, que serão disponibilizadas para pesquisadores interessados em analisar a resposta dessa planta a outros fenômenos. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

R. VICENTINI; M. MENOSSI. Pipeline for macro- and microarray analyses. Brazilian Journal of Medical and Biological Research, v. 40, n. 5, p. 615-619, 2007-04-13. (03/07244-0, 02/01167-1)

DRUMMOND, R. D.; PINHEIRO, A.; ROCHA, C. S.; MENOSSI, M.. ISER: selection of differentially expressed genes from DNA array data by non-linear data transformations and local fitting. Bioinformatics, v. 21, n. 24, p. 4427-4429, Dec. 2005. (02/01167-1, 03/07244-0)

VICENTINI, RENATO; MENOSSI, MARCELO. TISs-ST: a web server to evaluate polymorphic translation initiation sites and their reflections on the secretory targets. BMC Bioinformatics, v. 8, p. 0-0, May 2007. (03/07244-0, 02/01167-1, 05/58104-0)