- Jornalismo Científico
- Programa eScience e Data Science
- Programa José Reis de Incentivo ao Jornalismo Científico
- Projeto Geração
- Ensino Público
- Pesquisa em Bioenergia (BIOEN)
- Mudanças Climáticas Globais
- Pesquisa em Políticas Públicas
- Pesquisa em Biodiversidade (BIOTA)
- Sistema Integrado de Hidrometeorologia do Estado de São Paulo (SIHESP)
- Tecnologia da Informação no Desenvolvimento da Internet Avançada (TIDIA) (Programa vigente de 2001 a 2012)
- Cooperação Interinstitucional de Apoio à Pesquisa sobre o Cérebro (CINAPCE) - (Programa encerrado em 2015)
- Rede de Biologia Estrutural em Tópicos Avançados de Ciências da Vida (Smolbnet) - (Encerrada em 2013)
- Genoma (Programa vigente de 1997 a 2008)
- Rede de Diversidade Genética de Vírus (VGDN) (Programa vigente de 2000 a 2005)