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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

A Distinct DNA Methylation Shift in a Subset of Glioma CpG Island Methylator Phenotypes during Tumor Recurrence

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Autor(es):
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de Souza, Camila Ferreira [1, 2] ; Sabedot, Thais S. [1, 2] ; Malta, Tathiane M. [1, 2] ; Stetson, Lindsay [3] ; Morozova, Olena [4, 5] ; Sokolov, Artem [6] ; Laird, Peter W. [7] ; Wiznerowicz, Maciej [8, 9, 10] ; Iavarone, Antonio [11, 12] ; Snyder, James [2] ; deCarvalho, Ana [2] ; Sanborn, Zachary [13] ; McDonald, Kerrie L. [14] ; Friedman, William A. [15] ; Tirapelli, Daniela [16] ; Poisson, Laila [2, 17] ; Mikkelsen, Tom [2] ; Carlotti, Jr., Carlos G. [16] ; Kalkanis, Steven [2] ; Zenklusen, Jean [18] ; Salama, Sofie R. [4, 5] ; Barnholtz-Sloan, Jill S. [3] ; Noushmehr, Houtan [1, 2]
Número total de Autores: 23
Afiliação do(s) autor(es):
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[1] Univ Sao Paulo, Ribeirao Preto Med Sch, Dept Genet, Ribeirao Preto, SP - Brazil
[2] Henry Ford Hlth Syst, Dept Neurosurg, Detroit, MI 48202 - USA
[3] Case Western Reserve Univ, Sch Med, Case Comprehens Canc Ctr, Cleveland, OH 44106 - USA
[4] Univ Calif Santa Cruz, UC Santa Cruz Genom Inst, Santa Cruz, CA 95064 - USA
[5] Univ Calif Santa Cruz, Howard Hughes Med Inst, Santa Cruz, CA 95064 - USA
[6] Harvard Med Sch, Lab Syst Pharmacol, Boston, MA 02115 - USA
[7] Van Andel Res Inst, Ctr Epigenet, Grand Rapids, MI 49503 - USA
[8] Greater Poland Canc Ctr, Dept Diagnost & Canc Immunol, Lab Gene Therapy, Poznan - Poland
[9] Poznan Univ Med Sci, Dept Canc Immunol, Poznan - Poland
[10] Int Inst Mol Oncol, Poznan - Poland
[11] Columbia Univ, Dept Pathol & Cell Biol, New York, NY 10032 - USA
[12] Columbia Univ, Neurol Inst Canc Genet, New York, NY 10032 - USA
[13] NantOmics LLC, Santa Cruz, CA - USA
[14] UNSW, Prince Wales Clin Sch, Cure Brain Canc Biomarkers & Translat Res Lab, Sydney, NSW - Australia
[15] Univ Florida, Dept Neurosurg, Gainesville, FL - USA
[16] Univ Sao Paulo, Ribeirao Preto Med Sch, Dept Surg & Anat, Ribeirao Preto - Brazil
[17] Henry Ford Hlth Syst, Dept Publ Hlth Sci, Detroit, MI 48202 - USA
[18] NCI, Bethesda, MD 20892 - USA
Número total de Afiliações: 18
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: CELL REPORTS; v. 23, n. 2, p. 637-651, APR 10 2018.
Citações Web of Science: 1
Resumo

Glioma diagnosis is based on histomorphology and grading; however, such classification does not have predictive clinical outcome after glioblastomas have developed. To date, no bona fide biomarkers that significantly translate into a survival benefit to glioblastoma patients have been identified. We previously reported that the IDH mutant G-CIMP-high subtype would be a predecessor to the G-CIMP-low subtype. Here, we performed a comprehensive DNA methylation longitudinal analysis of diffuse gliomas from 77 patients (200 tumors) to enlighten the epigenome-based malignant transformation of initially lower-grade gliomas. Intra-subtype heterogeneity among G-CIMP-high primary tumors allowed us to identify predictive biomarkers for assessing the risk of malignant recurrence at early stages of disease. G-CIMP-low recurrence appeared in 9.5% of all gliomas, and these resembled IDH-wild-type primary glioblastoma. G-CIMP-low recurrence can be characterized by distinct epigenetic changes at candidate functional tissue enhancers with AP-1/SOX binding elements, mesenchymal stem cell-like epigenomic phenotype, and genomic instability. Molecular abnormalities of longitudinal G-CIMP offer possibilities to defy glioblastoma progression. (AU)

Processo FAPESP: 15/07925-5 - Softwares de código aberto contendo ferramentas estatísticas para análise e integração de conjuntos de dados epigenômicos produzidos em alta escala, a fim de decifrar e entender redes reguladoras de câncer
Beneficiário:Houtan Noushmehr
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores
Processo FAPESP: 16/06488-3 - Análise integrativa do epigenoma de gliomas com fenótipo metilador de ilhas CpG (G-CIMP) alto e baixo: caracterização e desenvolvimento
Beneficiário:Thaís Sarraf Sabedot
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Processo FAPESP: 16/12329-5 - Alterações na metilação do DNA e acessibilidade da cromatina associadas a gliomas com fenótipo metilador de ilhas CpG (G-CIMP) alto e baixo
Beneficiário:Thaís Sarraf Sabedot
Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado Direto
Processo FAPESP: 14/03989-6 - Mecanismos fisiopatológicos e moleculares de tumorigênese: abordagem baseada em plataformas de sequenciamento em escala genômica (NGS - Next-Generation Sequencing)
Beneficiário:Margaret de Castro
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Temático
Processo FAPESP: 14/08321-3 - Identificação e caracterização de elementos genômicos funcionais associados com a progressão de gliomas de baixo grau a gliomas de alto grau: estudo integrado do genoma e epigenoma
Beneficiário:Camila Ferreira de Souza
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 16/15485-8 - Biomarcadores clínicos em tumores do sistema nervoso central
Beneficiário:Camila Ferreira de Souza
Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 16/01975-3 - Definindo assinaturas epigenômicas de células-tronco em 33 diferentes tipos de tumores em um grupo de mais de 9000 amostras
Beneficiário:Tathiane Maistro Malta Pereira
Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 14/02245-3 - Identificação de assinaturas epigenômicas que definem regiões regulatórias ativas do genoma associadas à diferenciação mesenquimal a partir de células-tronco pluripotentes humanas
Beneficiário:Tathiane Maistro Malta Pereira
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado