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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Sharing and community curation of mass spectrometry data with Global Natural Products Social Molecular Networking

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Wang, Mingxun ; Carver, Jeremy J. ; Phelan, Vanessa V. ; Sanchez, Laura M. ; Garg, Neha ; Peng, Yao ; Nguyen, Don Duy ; Watrous, Jeramie ; Kapono, Clifford A. ; Luzzatto-Knaan, Tal ; Porto, Carla ; Bouslimani, Amina ; Melnik, Alexey V. ; Meehan, Michael J. ; Liu, Wei -Ting ; Criisemann, Max ; Boudreau, Paul D. ; Esquenazi, Eduardo ; Sandoval-Calderon, Mario ; Kersten, Roland D. ; Pace, Laura A. ; Quinn, Robert A. ; Duncan, Katherine R. ; Hsu, Cheng-Chih ; Floros, Dimitrios J. ; Gavilan, Ronnie G. ; Kleigrewe, Karin ; Northen, Trent ; Dutton, Rachel J. ; Parrot, Delphine ; Carlson, Erin E. ; Aigle, Bertrand ; Michelsen, Charlotte F. ; Jelsbak, Lars ; Sohlenkamp, Christian ; Pevzner, Pavel ; Edlund, Anna ; McLean, Jeffrey ; Piel, Jorn ; Murphy, Brian T. ; Gerwick, Lena ; Liaw, Chih-Chuang ; Yang, Yu-Liang ; Humpf, Hans-Ulrich ; Maansson, Maria ; Keyzers, Robert A. ; Sims, Amy C. ; Johnson, Andrew R. ; Sidebottom, Ashley M. ; Sedio, Brian E. ; Klitgaard, Andreas ; Larson, Charles B. ; Boya P, Cristopher A. ; Torres-Mendoza, Daniel ; Gonzalez, David J. ; Silva, Denise B. ; Marques, Lucas M. ; Demarque, Daniel P. ; Pociute, Egle ; O'Neill, Ellis C. ; Briand, Enora ; Helfrich, Eric J. N. ; Granatosky, Eve A. ; Glukhov, Evgenia ; Ryffel, Florian ; Houson, Hailey ; Mohimani, Hosein ; Kharbush, Jenan J. ; Zeng, Yi ; Vorholt, Julia A. ; Kurita, Kenji L. ; Charusanti, Pep ; McPhail, Kerry L. ; Nielsen, Kristian Fog ; Vuong, Lisa ; Elfeki, Maryam ; Traxler, Matthew F. ; Engene, Niclas ; Koyama, Nobuhiro ; Vining, Oliver B. ; Baric, Ralph ; Silva, Ricardo R. ; Mascuch, Samantha J. ; Tomasi, Sophie ; Jenkins, Stefan ; Macherla, Venkat ; Hoffman, Thomas ; Agarwal, Vinayak ; Williams, Philip G. ; Dai, Jingqui ; Neupane, Ram ; Gurr, Joshua ; Rodriguez, Andres M. C. ; Lamsa, Anne ; Zhang, Chen ; Dorrestein, Kathleen ; Duggan, Brendan M. ; Almaliti, Jehad ; Allard, Pierre-Marie ; Phapale, Prasad ; Nothias, Louis-Felix ; Alexandrovr, Theodore ; Litaudon, Marc ; Wolfender, Jean-Luc ; Kyle, Jennifer E. ; Metz, Thomas O. ; Peryea, Tyler ; Nguyen, Dac-Trung ; VanLeer, Danielle ; Shinn, Paul ; Jadhav, Ajit ; Muller, Rolf ; Waters, Katrina M. ; Shi, Wenyuan ; Liu, Xueting ; Zhang, Lixin ; Knight, Rob ; Jensen, Paul R. ; Palsson, Bernhard O. ; Pogliano, Kit ; Linington, Roger G. ; Gutierrez, Marcelino ; Lopes, Norberto P. ; Gerwick, William H. ; Moore, Bradley S. ; Dorrestein, Pieter C. ; Bandeira, Nuno
Número total de Autores: 127
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: NATURE BIOTECHNOLOGY; v. 34, n. 8, p. 828-837, AUG 2016.
Citações Web of Science: 96
Resumo

The potential of the diverse chemistries present in natural products (NP) for biotechnology and medicine remains untapped because NP databases are not searchable with raw data and the NP community has no way to share data other than in published papers. Although mass spectrometry (MS) techniques are well-suited to high-throughput characterization of NP, there is a pressing need for an infrastructure to enable sharing and curation of data. We present Global Natural Products Social Molecular Networking (GNPS; http://gnps.ucsd.edu), an open-access knowledge base for community-wide organization and sharing of raw, processed or identified tandem mass (MS/MS) spectrometry data. In GNPS, crowdsourced curation of freely available community-wide reference MS libraries will underpin improved annotations. Data-driven social-networking should facilitate identification of spectra and foster collaborations. We also introduce the concept of `living data' through continuous reanalysis of deposited data. (AU)

Processo FAPESP: 14/18052-0 - Histolocalização de taninos e antraquinonas com atuação no sistema gastrointestinal
Beneficiário:Daniel Pecoraro Demarque
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 14/01884-2 - Análise de perfis de metabólitos obtidos por espectrometria de massas utilizando grafos
Beneficiário:Ricardo Roberto da Silva
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 13/16496-5 - Avaliação do metabolismo in vitro, in vivo e do perfil farmacocinético do alcalóide govaniadina
Beneficiário:Lucas Maciel Mauriz Marques
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 14/50265-3 - Metabolismo e distribuição de xenobióticos naturais e sintéticos: da compreensão dos processos reacionais à geração de imagens teciduais
Beneficiário:Norberto Peporine Lopes
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Temático
Processo FAPESP: 14/01651-8 - Eliciação da biossíntese de produtos naturais a partir da interação de micro-organismos endofíticos
Beneficiário:Andrés Mauricio Caraballo Rodríguez
Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Processo FAPESP: 12/18031-7 - Aplicação de MALDI-MS/MS na análise da vicenina-2 e correlatos: da compreensão dos processos ionizantes à geração de imagens
Beneficiário:Denise Brentan da Silva
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado