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Tecnologia da Informação aplicada a genômica para bioenergia: anotação probabilística usando inteligência artificial
| Pesquisador responsável: | Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio
Outros projetos do(a) pesquisador(a)
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| Instituição: | Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto |
| Área do conhecimento: | Interdisciplinar |
| Linha de fomento: | Auxílio a Projeto de Pesquisa - Programa BIOEN - Regular |
| Processo: | 09/53161-6 |
| Vigência: | 01 de fevereiro de 2010 - 31 de janeiro de 2012 |
| Convênio/Acordo de cooperação: | Microsoft Research |
| Assunto(s): | BioenergiaCana-de-açúcarGenomaInteligência artificialProjetos RegularesPrograma BIOEN-FAPESP |
Resumo
Atualmente, a abordagem filogenômica se apresenta como o paradigma disponível mais adequado para estabelecer anotações de alta qualidade. O presente projeto tem por objetivo o desenvolvimento de um ambiente de Tecnologia da Informação, destinado a automatizar a anotação de genomas completos de organismos que apresentam interesse estratégico para a área de Bioenergia. O alvo principal é o desenvolvimento de uma metodologia de Inteligência Artificial (Redes Bayesianas) seguido da construção de um sistema de software que viabilize aos biologistas a tarefa de anotação automatizada, integrando fontes de evidências quantitativas e qualitativas de forma probabilística. A anotação probabilística tem como produto final a estimativa da probabilidade de um dado gene pertencer a uma certa classe funcional, um processo ou um componente celular, ao invés de atribuições fixas simplistas sem estimativa de incerteza e sem considerar os diferentes graus/qualidade de evidência. Como objetivo tangível do presente projeto, o transcritoma da cana-de-açúcar será anotado, bem como a porção do genoma que estiver disponível aos membros do consórcio BION-FAPESP. (AU)
Atualmente, a abordagem filogenômica se apresenta como o paradigma disponível mais adequado para estabelecer anotações de alta qualidade. O presente projeto tem por objetivo o desenvolvimento de um ambiente de Tecnologia da Informação, destinado a automatizar a anotação de genomas completos de organismos que apresentam interesse estratégico para a área de Bioenergia. O alvo principal é o desenvolvimento de uma metodologia de Inteligência Artificial (Redes Bayesianas) seguido da construção de um sistema de software que viabilize aos biologistas a tarefa de anotação automatizada, integrando fontes de evidências quantitativas e qualitativas de forma probabilística. A anotação probabilística tem como produto final a estimativa da probabilidade de um dado gene pertencer a uma certa classe funcional, um processo ou um componente celular, ao invés de atribuições fixas simplistas sem estimativa de incerteza e sem considerar os diferentes graus/qualidade de evidência. Como objetivo tangível do presente projeto, o transcritoma da cana-de-açúcar será anotado, bem como a porção do genoma que estiver disponível aos membros do consórcio BION-FAPESP. (AU)
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