Resumo
Aquisição de cluster HPC de computadores como EMU no âmbito do Centro de Pesquisa de Computação em Engenharia e Ciências (AU)
Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Química (IQ) (Instituição Sede da última proposta de pesquisa) País de origem: Brasil
Possui graduação em Física pela Universidade Estadual de Campinas, doutorado pela State University of New York at Stony Brook, pós-doutorado pela Colorado State University e Livre Docente pela Universidade Estadual de Campinas. Foi Professor Visitante do Institute for Theoretical Chemistry, Universidade do Texas, Austin. Munir Skaf é Professor Titular do Instituto de Química da UNICAMP desde 2011 e possui larga experiência em biofísico-química, com ênfase em Química Teórica Computacional, atuando principalmente nos seguintes temas: simulação por dinamica molecular, termodinâmica estatística, relação entre dinâmica, estrutura e função sistemas biomoleculares, reações enzimáticas e simulações por QM/MM. Mais recentemente tem se dedicado a aplicações de métodos de inteligência artificial e aprendizado de máquina para o estudo de proteínas e outras áreas da quimioinformática. Foi Pró-Reitor de Pesquisa da UNICAMP gestão 2017-2021 e é atualmente diretor do CEPID/FAPESP Center for Computing in Engineering and Sciences (https://cces.unicamp.br/). É Pesquisador Nível 1A do CNPq. (Fonte: Currículo Lattes)
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Aquisição de cluster HPC de computadores como EMU no âmbito do Centro de Pesquisa de Computação em Engenharia e Ciências (AU)
Propõe-se a criação de um centro multidisciplinar de alto nível, dedicado ao desenvolvimento e aplicação de métodos computacionais avançados e que venha solucionar problemas de fronteira nas ciências e engenharias, bem como promover avanços substantivos em inovação tecnológica e difusão desta área do conhecimento, a qual tem sido denominada e-Science. O "Centro de Engenharia e Ciências Co…
Muitas áreas das ciências e engenharia se beneficiam de simulações computacionais. Os exemplos mais comuns incluem, por exemplo, o desenho computacional de automóveis e aviões. No plano da nanotecnologia, a situação não é diferente, exceto que neste ramo as simulações se dão em escalas atômicas e moleculares. Simulações computacionais constituem ferramenta indispensável para se acessar de…
Lignocellulosic biomass, such as sugarcane bagasse, holds a promise of environmentally friendly bioenergy production in Brazil. However, enzymatic hydrolysis, currently considered a method of choice in biomass saccharification, is hampered by considerable cell-wall recalcitrance. To make this technology sustainable and cost effective, our comprehension of cellulose enzymatic hydrolysis sh…
Propomos a aplicação de extensas técnicas de simulação clássica MD e híbrida quântica QM/MM para estudar a decomposição enzimática de plásticos recicláveis e biopolímeros de origem vegetal e bacteriana. O foco principal do projeto será nas enzimas degradadoras de plástico pertencentes ao banco de dados PAZy e nas enzimas ativas nos polissacarídeos e compostos polifenólicos (lignina) prese…
Os receptores nucleares (NRs) compreendem uma superfamília muito importante de proteínas que regulam a transcrição de genes os quais desempenham papéis fundamentais tanto no desenvolvimento quanto na homeostase adulta. Dentre os receptores nucleares, os Receptores Ativados por Proliferadores de Peroxissoma (PPARs) - subtipos alpha, beta/delta e gamma - têm recebido bastante atenção devido…
A parede celular vegetal é uma rica fonte de celulose, lignina e hemicelulose, as quais podem ser aplicadas na produção de biodiesel e outros materiais biorrenováveis (e.g. vanillina derivadas de lignina e surfactantes). A organização desses componentes e a hidratação da parede celular vegetal secundária afetam diretamente a propriedade mecânica da madeira e a separação desse biomaterial.…
A celulose, o biopolissacarídeo mais abundante do planeta, exibe propriedades mecânicas notáveis devido à sua estrutura hierárquica e extensa rede de ligações de hidrogênio. No entanto, suas fortes interações inter- e intramoleculares dificultam a dissolução, necessitando de sistemas de solventes especializados para uma fibrilação eficaz. Este estudo empregará simulações de dinâmica molec…
Neste projeto, propomos realizar estudos computacionais sobre a nanomorfologia das Matrizes Extracelulares (ECM), como as paredes celulares de plantas e biofilmes bacterianos, com o objetivo de fornecer insights sobre os mecanismos moleculares subjacentes à sua degradação catalisada por enzimas ativas em carboidratos. O projeto constitui uma extensão natural das pesquisas atuais que nosso…
O tema desta pesquisa de pós-doutorado é o estudo de mecanismos de reação e eficiência catalítica de enzimas ativas em substratos lignocelulósicos usando técnicas avançadas de modelagem molecular. As enzimas de interesse são principalmente Esterases (por exemplo, Glucuronil Esterases - GEs, Feruloil Esterases - FAEs) e ²-glicosidases Glicosídeo Hidrolases (GHs). GEs/FAEs e GHs estão envol…
Os plásticos são materiais essenciais para a sociedade moderna devido às suas propriedades específicas, mas os níveis crescentes de poluição provenientes dos resíduos de plástico representam uma crise ambiental global. Recentemente, uma cepa de bactéria Ideonella sakaiensis 201-F6 foi isolada e demonstrou uma capacidade incomum de degradar o poli(tereftalato de etileno) (PET). A PETase da…
Fratura óssea induzida por osteoporose tem se tornado um grande problema de saúde. O aumento da expectativa de vida resulta em uma maior fração da população afetada por osteoporose, uma doença crônica que aumenta o risco de fratura óssea deteriorando a estrutura do tecido desde a escala molecular até a escala macro. Se as tecnologias atuais de diagnóstico médico não melhorarem, fraturas ó…
A lignina é um biopolímero heterogêneo presente nas paredes celulares das plantas e desempenha um papel estrutural importante. Dada a sua abundância (o segundo biopolímero mais abundante na Terra), a lignina é a principal fonte de carbono aromático do planeta, o que destaca a oportunidade de aproveitar esta fonte renovável de produtos químicos valiosos. Os monômeros de lignina podem ser f…
Durante a evolução, somente uma pequena fração do espaço das sequências de proteínas foi amostrado. A área de design de proteínas de novo tem como objetivo explorar o espaço de sequências não visto durante a evolução para customizar proteínas com diversas aplicações em biologia e ciências de materiais. Por muitos anos, a área dependeu de testar experimentalmente uma proteína por vez com u…