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18th international Symposium on health related water Microbiology - WaterMicro2015

Beneficiário:
Instituição-sede da pesquisa: Companhia Ambiental do Estado de São Paulo (CETESB). Secretaria do Meio Ambiente (São Paulo - Estado). São Paulo, SP, Brasil
Pesquisador responsável:Maria Ines Zanoli Sato
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Reunião - Exterior
Processo:15/10843-0
Vigência: 13 de setembro de 2015 - 25 de setembro de 2015
Assunto(s):SaneamentoMudança climática

18th International Symposium on health related water microbiology - WaterMicro2015

Beneficiário:
Instituição-sede da pesquisa: Faculdade de Saúde Pública (FSP). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
Pesquisador responsável:Maria Tereza Pepe Razzolini
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Reunião - Exterior
Processo:15/10895-0
Vigência: 13 de setembro de 2015 - 19 de setembro de 2015
Assunto(s):Microbiologia ambiental

Deleção de genes envolvidos na via de secreção de proteínas em Aspergillus nidulans

Beneficiário:
Instituição-sede da pesquisa: Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM). Associação Brasileira de Tecnologia de Luz Síncrotron (ABTLuS). Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (Brasil). Campinas, SP, Brasil
Pesquisador responsável:André Ricardo de Lima Damasio
Supervisor no exterior: Rolf Alexander Prade
Local de pesquisa: Oklahoma State University (Estados Unidos)
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Processo:15/00660-6
Vigência: 20 de agosto de 2015 - 19 de junho de 2016
Assunto(s):Resposta a proteínas não dobradasRetículo endoplasmáticoAspergillus nidulans
Resumo
Em eucariotos, unfolded protein response (UPR) regula positivamente genes responsáveis por restaurar a homeostase no retículo endoplasmático (RE) durante o acúmulo de proteínas desenoveladas ou enoveladas incorretamente. Condições que sobrecarregam o RE com estas proteínas, incluem estresses ambientais, alterações no estado redox do RE, e a expressão de proteínas heterólogas em sistemas biológicos como fungos filamentosos. Os genes envolvidos em UPR foram previamente estudados e utilizados como ferramenta para aumentar a secreção de proteínas em sistemas heterólogos, no entanto o número de resultados é limitado. Devido à complexa rede regulatória envolvida em UPR, pode ser difícil selecionar genes alvo adequados para o melhoramento da via secretora. Em células fúngicas, UPR regula muitos genes que estão envolvidos em vários processos, tais como a via de secreção, glicosilação, ERAD (Endoplasmic-Reticulum-Associated Protein Degradation) e enovelamento de proteínas. Portanto, o objetivo central deste projeto é deletar genes relacionados a UPR, cuidadosamente selecionados a partir de dados de RNA seq, em Aspergillus nidulans e observar o efeito destas deleções sobre os níveis de secreção de proteínas heterólogas. Os dados de RNAseq foram obtidos a partir do cultivo de A. nidulans na presença de reagentes que induzem stress de RE como tunicamicina (Tm) e ditiotreitol (DTT). (AU)

Identificação e análise funcional de novos genes e elementos regulatórios de Salmonella enterica implicados na sobrevivência e persistência em alimentos de baixa atividade de água

Beneficiário:
Instituição-sede da pesquisa: Faculdade de Engenharia de Alimentos (FEA). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas, SP, Brasil
Pesquisador responsável:Anderson de Souza Sant'Ana
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo:14/17387-8
Vigência: 01 de agosto de 2015 - 31 de julho de 2017
Convênio/Acordo de cooperação com a FAPESP: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Assunto(s):Alimentos desidratadosSecagem
Resumo
Segundo dados da Organização Mundial da Saúde (OMS), a salmonelose é uma das mais comuns doenças transmitidas por alimentos, sendo amplamente distribuída no mundo. A salmonelose é transmitida por diversos sorotipos de Salmonella e estima-se que ocorram aproximadamente dez milhões de casos da doença por ano no mundo, resultando em centenas de milhares de óbitos. Apesar dos principais alimentos envolvidos nos surtos de salmonelose serem alimentos de origem animal, principalmente aves e ovos e seus derivados, recentemente tem-se observado um aumento significativo de relatos de surtos de salmonelose envolvendo alimentos de baixa atividade de água (aw), como chocolate, manteiga de amendoim, ervas e pimentas, dentre outros. Sabe-se que Salmonella, assim como outras bactérias, possui a capacidade de se adaptar a mudanças ambientais. Tais adaptações podem resultar num aumento da resistência de Salmonella frente a uma série de outras condições de estresse, como mudanças de temperatura, pH, limitação de nutrientes, baixa aw, entre outros. Porém, não se conhece ainda os mecanismos exatos que algumas bactérias utilizam para sobreviver em condições ambientais desfavoráveis. A finalidade deste projeto é o entendimento do mecanismo de sobrevivência de Salmonella em alimentos com baixa aw, através da análise do transcriptoma da bactéria em combinação com a microbiologia preditiva, simulando a contaminação ocorrida durante o processamento e consumo desses alimentos. Com a análise de transcritos, tanto durante o processo como no produto final, será possível traçar-se as vias que esse importante patógeno utiliza, a nível gênico, que implicam em sua sobrevivência e persistência em alimentos com baixa aw. Tal conhecimento será fundamental para o desenvolvimento de medidas efetivas de controle e redução da incidência de casos de salmonelose associados a produtos de baixa aw. (AU)

UV-resistant yeasts isolated from a high-altitude volcanic área on the Atacama désert as eukaryotic models for astrobiology

Beneficiário:
Instituição-sede da pesquisa: Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM). Associação Brasileira de Tecnologia de Luz Síncrotron (ABTLuS). Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (Brasil). Campinas, SP, Brasil
Pesquisador responsável:Douglas Galante
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
Processo:15/07220-1
Vigência: 01 de julho de 2015 - 31 de dezembro de 2015
Resumo
O vulcão Sairecabur (5917m), no Deserto do Atacama, é um ambiente extremo de alta-altitude, com variações diárias de temperatura, solos ácidos, radiação UV intensa e baixa disponibilidade de água. Quatro diferentes espécies de leveduras foram isoladas dessa região usando meios oligotróficos, sendo identificadas e caracterizadas pelas suas tolerâncias à condições extremas. Sequenciamento de rRNA revelou alta identidade (>98%) com Cryptococcus friedmannii, Exophiala sp., Holtermanniella watticus e Rhodosporidium toruloides. Até onde sabemos, esse é o primeiro relato dessas leveduras no Deserto do Atacama. Todos os isolados mostraram grande tolerância a UV-C, UV-B e UV-ambiental, capacidade de crescer em meio salino moderado (0.75M - 2.25M NaCl) e em temperaturas de moderadas à baixas, sendo que C. friedmannii e H. watticus foram capazes de crescer em temperaturas de até -6.5oC. A presença de pigmentos, analisada por espectroscopia Raman, correlacionou com resistência a UV em alguns casos, mas há evidências que, no ambiente natural, outros mecanismos moleculares podem ser tão importantes quando pigmentação, o que tem implicações para a busca de bioassinaturas espectroscópicas em superfícies planetárias. Devido a extremotolerância das leveduras isoladas, esses organismos representam modelos eucarióticos interessantes para pesquisas em astrobiologia. (AU)

Impacto da mastite subclínica sobre custo de produção e qualidade do leite em rebanhos leiteiros

Beneficiário:
Instituição-sede da pesquisa: Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
Pesquisador responsável:Marcos Veiga dos Santos
Supervisor no exterior: Henk Hogeveen
Local de pesquisa: Wageningen University (Holanda)
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Produção Animal
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Processo:15/04570-1
Vigência: 13 de junho de 2015 - 22 de dezembro de 2015
Assunto(s):LeiteQualidade dos alimentos
Resumo
A hipótese do presente estudo é a de que a metodologia de ordenha completa e individual por quarto mamário permite estimar perdas de produção causadas por infecções intramamárias ocasionadas por patógenos primários. O projeto será realizado por meio de três experimentos, cujos objetivos gerais serão: 1) avaliar os efeitos das infecções intramamárias subclínicas causadas por patógenos primários sobre a contagem de células somáticas, produção e composição do leite de vacas em nível de quartos mamários; 2) avaliar as perdas de produção e alteração da composição do leite em nível de rebanho por meio da contagem de células somáticas; e 3) avaliar o impacto econômico da mastite subclínica causada por patógenos primários em rebanhos leiteiros. Para o experimento 1, serão selecionados seis rebanhos leiteiros (aproximadamente 600 vacas), nos quais serão selecionadas vacas em lactação (estimativa de 330) com infecção intramamária causada por patógenos primários distribuídos em 5 grupos (1: Staphylococcus aureus; 2: Streptococcus ambientais; 3: Streptococcus agalactiae; 4: Escherichia coli; e 5: Klebsiella spp.). Serão coletadas amostras de leite de ordenha completa e individual de quartos mamários das vacas selecionadas, totalizando a amostragem de 150 quartos infectados e 150 contralaterais sadios (controle), as quais serão submetidas à identificação por cultura microbiológica e determinação da composição (gordura, proteína bruta, lactose, caseína, extrato seco total, extrato seco desengordurado). Os isolados bacterianos serão identificados em nível de espécie por MALDI/TOF-MS. Será avaliado o efeito de infecção intramamária causada pelos cinco grupos de patógenos sobre as variáveis respostas (produção e composição do leite) utilizando o modelo estatístico Strip-plot. Para o experimento 2, serão utilizados dados dos últimos dois anos da Associação Paranaense do Gado Holandês de aproximadamente 29.010 vacas, distribuídas em 353 rebanhos. Para as análises, os dados do controle leiteiro referentes à produção e composição do leite serão submetidos à regressão em relação ao escore linear da contagem de células somáticas. Para o experimento 3, serão utilizados dois conjuntos de dados: o conjunto de dados (1) será baseado na estimativa do custo associado às perdas de produção e alterações na composição do leite de quartos contralaterais; e para o conjunto de dados (2), serão utilizados 50 rebanhos do Educampo/SEBRAE, cujo os dados serão processados por meio da metodologia de estimativa de custo operacional, em que será avaliado o custo de produção e análise de renda na presença de infecção intramamária subclínica ocasionada por patógenos primários em rebanhos leiteiros. Espera-se com o presente estudo determinar os efeitos negativos da mastite subclínica sobre as variáveis estudadas em nível de quartos mamários e de rebanho com o intuito de minimizar perdas, tanto a cadeia primária, como a indústria de derivados lácteos. (AU)

Análise microbiológica em uma nova técnica de preparação de peças anatômicas para uso em cirurgia veterinária

Beneficiário:
Instituição-sede da pesquisa: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal, SP, Brasil
Pesquisador responsável:Fabrício Singaretti de Oliveira
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Clínica e Cirurgia Animal
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Processo:15/08826-0
Vigência: 01 de junho de 2015 - 31 de maio de 2016
Assunto(s):CirurgiaAnatomia animalAnatomia
Resumo
Para que não haja deterioração dos tecidos, as peças anatômicas são fixadas. A fixação é extremamente importante, pois mantém os tecidos firmes, insolúveis e protegidos. O formaldeído é o fixador e conservante mais utilizado e, embora ainda seja muito utilizado nos laboratórios de anatomia, é prejudicial à saúde e traz sério risco ambiental. Outros agentes, como o álcool etílico, também já foram utilizados na boa fixação de músculos de aves, assim como o cloreto de sódio testado com sucesso na conservação de peças anatômicas. Assim, objetiva-se, com este trabalho, identificar e quantificar, microbiologicamente, os principais agentes presentes na fixação de cadáveres de cães utilizando álcool etílico e conservação em solução aquosa de cloreto de sódio a 30%. Para isso, as soluções fixadoras/conservantes analisadas microbiologicamente pela quantificação das bactérias mesófilas aeróbias e anaeróbias facultativas viáveis e realizada a contagem de Unidade Formadora de Colônia para posterior identificação dos gêneros Bacillus, Clostridium, Pseudomonas, e da espécie Escherichia coli. Resultados preliminares demonstram grande potencial do emprego dessas substancias na fixação e conservação de peças anatômicas ao longo de 4 meses, as quais apresentam boa maleabilidade e aspecto visceral similar ao observado em cadáveres frescos. (AU)

Análise do microbioma do Rio Amazonas e seus afluentes: biogeografia e sua contribuição na fixação do N2

Beneficiário:
Instituição-sede da pesquisa: Embrapa Meio-Ambiente. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA). Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (Brasil). Jaguariúna, SP, Brasil
Pesquisador responsável:Itamar Soares de Melo
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo:14/26131-7
Vigência: 01 de maio de 2015 - 30 de abril de 2017
Convênio/Acordo de cooperação com a FAPESP: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Assunto(s):Oceano AtlânticoSequestro de carbonoCianobactérias
Resumo
A bacia do rio Amazonas é a maior bacia hidrográfica do mundo, compreendendo aproximadamente 40% da área total da América do Sul. O rio Amazonas é de longe o maior rio do mundo em termos de descarga volumétrica, possui uma extensão de 6.280 km, numa área de influência de aproximadamente 7.000 km2 e escoamento de quase 15% do total de todos os rios do mundo juntos. A água doce descarregada por este rio é transportada por centenas e milhares de quilômetros de distância da costa brasileira pelo Oceano Atlântico. Consequentemente o Rio Amazonas leva grandes quantidades de nutrientes para o oceano, como o ferro, o fósforo e o silício, aumentando a produção primária e o sequestro de carbono por meio de seu transporte para fundo do Oceano Atlântico. No entanto, a produção primária não sofre limitação devido à disponibilidade de nitrogênio fornecido pela fixação biológica de nitrogênio mediado principalmente pela ação das cianobactérias. Sendo assim, os objetivos deste estudo são caracterizar e quantificar a comunidade diazotróficas presente no rio Amazonas e seus afluentes (Rio Negro e Solimões), com ênfase especial na comunidade de cianobactérias. Este esforço proporcionará uma primeira evidência das características estruturais e funcionais da comunidade microbiana do rio Amazonas e seus principais tributários com foco em comunidades fixadores de nitrogênio. A investigação das comunidades bacteriana e diazotrófica presentes nas amostras de água será realizada por meio do sequenciamento massivo, enquanto que a abundância dessas comunidades será realizada por meio da quantificação por PCR quantitativa. Em ambas abordagens os genes alvos que codificam para o RNAr 16S e nifH serão investigados a partir do DNA metagenômico. Ainda, estimativa da atividade da nitrogenase será investigada pela técnica de redução de acetileno nas amostras ambientais de água e o isolamento de linhagens de cianobactérias será efetuado usando meios de cultura específicos para esse grupo de micro-organismos. (AU)

Determinação de agrupamentos de genes sintetizadores de fenazinas antibióticas e montagem das vias biossintéticas correlacionadas, em uma nova espécie de Streptomyces (CCMA/Caat52) isolado da caatinga do Brasil

Beneficiário:
Instituição-sede da pesquisa: Embrapa Meio-Ambiente. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA). Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (Brasil). Jaguariúna, SP, Brasil
Pesquisador responsável:Itamar Soares de Melo
Supervisor no exterior: Paul Frederick Long
Local de pesquisa: King's College London (Inglaterra)
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Processo:14/24556-0
Vigência: 01 de maio de 2015 - 30 de abril de 2016
Assunto(s):CaatingaStreptomycesClusters
Resumo
Os Complexo Policetídios (PKS) são produtos naturais microbianos (incluindo medicamentos clinicamente úteis), cujas estruturas químicas se correlacionam com a sequência das enzimas responsáveis pela modulação de suas respectivas biossínteses. Uma vez que a estrutura do gene pode ser inferida a partir da estrutura química da molécula, uma forma inversa de determinação do perfil metabólico microbiano. Atualmente, com o sequenciamento do genoma em ampla escala de actinomicetos, tem revelado um diversidade química inexplorado nos Streptomyces cultiváveis, uma vez que foram detectados clusters de vias biosintéticas até então enigmáticas (silenciosos, mas com funções desconhecidas). Então, a expressão de genes correlacionados à biossíntese é uma via que se abre para o desenvolvimento da biologia sintética de produtos naturais, em que PKS são projetados a sintetizar uma molécula alvo quando requerida, neste caso proveniente do metabolismo secundário. De acordo com estudos preliminares da análise do sequenciamento do genoma da linhagem modelo neste estudo, o isolado CCMA/Caat52 é uma nova espécie de Streptomyces e produtora de compostos naturais pertencente ao grupo de fenazinas com presença de apenas um grupo de PKSII conhecido para este composto. Muito pouco se sabe sobre os genes correlacionados a sínteses deste compostos em Actonobacteria, este projeto tem como escopo a determinação de genes (PKS e NRPS) responsável pela vias biosinteticas construtoras de fenazinas e identificação das enzimas que catalizam a produção metabólica envolvida. Os dados gerados será de fundamental importância na consolidação desta linha de pesquisa em bioprospecção microbiana utilizando como ferramentas a descoberta e indicação de genes relacionados à biossíntese de metabólitos secundários e sequenciamento de todo o genoma de Streptomyces sp no Laboratório de Microbiologia Ambiental da Embrapa Meio Ambiente. (AU)

Produção e composição do leite em vacas com mastite subclínica causada por Streptococcus ambientais

Beneficiário:
Instituição-sede da pesquisa: Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
Pesquisador responsável:Marcos Veiga dos Santos
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Produção Animal
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Processo:15/00142-5
Vigência: 01 de abril de 2015 - 31 de março de 2016
Assunto(s):Produção de leiteContagem de células somáticas
Resumo
O objetivo do presente estudo será avaliar o efeito da mastite subclínica bovina causada por Streptococcus ambientais sobre a qualidade e a produção de leite em nível de quartos mamários, considerando a sua alta prevalência em rebanhos leiteiros e a ausência de medidas específicas de controle para estes agentes. Os objetivos específicos serão avaliar o efeito da mastite subclínica bovina causada por Streptococcus uberis, Streptococcus bovis e Streptococcus dysgalactiae sobre: a) contagem de células somáticas (CCS); b) as concentrações de gordura e proteína bruta; c) a produção de leite; e d) o preço do litro de leite. Serão selecionados seis rebanhos leiteiros (aproximadamente 600 vacas), nos quais serão selecionadas vacas em lactação (estimativa de 60) com mastite subclínica causada por Streptococcus ambientais (S. uberis, S. bovis e S. dysgalactiae). Serão coletadas amostras de leite de ordenha completa e individual de quartos mamários das vacas selecionadas, totalizando a amostragem de 240 quartos mamários, dos quais serão selecionadas aleatoriamente 12 vacas com isolamento positivo de cada agente, levando em conta o número e fase de lactação. Os isolados bacterianos serão identificados em nível de espécie por meio de cultura microbiológica convencional. As concentrações de gordura e proteína bruta serão analisadas por absorção infravermelha e a CCS será determinada por citometria de fluxo. Para determinar o efeito da mastite subclínica causada por Streptococcus ambientais sobre o preço do litro de leite (PLL), será utilizado o preço médio brasileiro baseado na média dos últimos 20 anos corrigidos pela inflação. Após, será agregado ao PLL quantia de acordo com o nível de CCS e teores de proteína bruta e gordura distribuídos em faixas de bonificação, neutralidade e penalização como se fosse um sistema de pagamento por qualidade do leite. Equações do PLL dos quartos mamários afetados por S. uberis, S. bovis e S. dysgalactiae serão determinadas por meio de regressão binária. Além disso, será realizado o procedimento DIF do SAS® entre as médias de PLL atribuídos aos quartos mamários sadios e infectados para determinar o efeito da mastite subclínica causada por S. uberis, S. bovis e S. dysgalactiae em relação a programas de pagamento por qualidade do leite. Será avaliado o efeito da mastite subclínica causada por Streptococcus ambientais em nível de grupo e espécies por quartos mamários sobre a CCS, composição e produção de leite, utilizando a análise de variância por meio de delineamento em blocos ao acaso. Espera-se com a realização deste estudo, estimar o impacto da mastite subclínica bovina por Streptococcus ambientais em nível de quartos mamários sobre a qualidade e a produção de leite. Desta forma, este estudo poderá, também, servir de base para futuras pesquisas sobre estratégias de controle específicas para este agente, tais como a avaliação de eficácia e custo-benefício para tratamentos de mastite causada por Streptococcus ambientais. (AU)
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