Busca avançada

Análise de perfis de metabólitos obtidos por espectrometria de massas utilizando grafos

Processo: 14/01884-2
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de julho de 2014
Vigência (Término): 31 de julho de 2016
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Farmácia
Convênio/Acordo: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:Norberto Peporine Lopes
Beneficiário:
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto, SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):15/03348-3 - Potencialização da construção de redes moleculares pelo uso da fragmentação in silico e amazenamento e busca de sub-redes, BE.EP.PD
Assunto(s):Metabolômica   Biologia computacional   Produtos naturais

Resumo

A bioprospecção de produtos naturais é um processo complexo e trabalhoso, que demanda alto investimento monetário e intensa inspeção manual para isolar e identificar compostos ativos, a partir de uma fonte de produtos naturais. Espécies endêmicas brasileiras de Lychnophora (Asteraceae) figuram como um rico gênero de plantas que têm sido utilizadas como fonte para prospecção de produtos naturais. Os compêndios públicos de informações moleculares, com organização biológica hierárquica do potencial catalítico e regulatório do genoma, vias metabólicas e compostos potencialmente produzidos, são incipientes, muitas vezes inexistentes, para espécies de Lychnophora. Estudos recentes de reconstrução do metabolismo realizam buscas exaustivas de informações genéticas e bioquímicas de um determinado organismo, reconstruindo o metabolismo conhecido para o mesmo. Esta abordagem permite melhores inferências do potencial químico do organismo, potencializando sua exploração biotecnológica. Além da ausência de compêndios organizados para inferência do metabolismo para espécies de Lychnophora, com os métodos convencionais de prospecção, analisando extratos vegetais, a informação espacial de metabólitos no tecido, células e organelas celulares é perdida. A técnica de IMS (Imaging Mass Spectrometry) permite a coleta de espectros de massas em centenas de milhares de pontos, em coordenadas predefinidas de área de tecido. Com estes espectros é possível confeccionar um mapa de distribuição tecidual da substância alvo sobre uma imagem to tecido obtida, por exemplo, a partir de um scanner. Utilizar um compêndio biologicamente hierarquizado de compostos conhecidos em Lychnophora, e sua compartimentalização em reações e vias metabólicas, permite a busca de produtos naturais em regiões espacialmente delimitadas do tecido vegetal e pode ser muito útil para a compreensão da sua função biológica, bem como orientar a melhoria do seu isolamento. Diante da grande complexidade dos conjuntos de dados produzidos nos experimentos de MALDI-imaging e da carência de bases de comparação para anotação dos metabólitos e inferência de processos bioquímicos, o presente projeto tem como objetivos construir uma base de dados hierarquizada com informações genéticas e bioquímicas de espécies filogeneticamente relacionadas a Lychnophora e realizar a inferência computacional de grafos de vias metabólicas espacialmente específicas, utilizando dados obtidos a partir de IMS. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
WANG, MINGXUN; CARVER, JEREMY J.; PHELAN, VANESSA V.; SANCHEZ, LAURA M.; GARG, NEHA; PENG, YAO; NGUYEN, DON DUY; WATROUS, JERAMIE; KAPONO, CLIFFORD A.; LUZZATTO-KNAAN, TAL; PORTO, CARLA; BOUSLIMANI, AMINA; MELNIK, ALEXEY V.; MEEHAN, MICHAEL J.; LIU, WEI -TING; CRIISEMANN, MAX; BOUDREAU, PAUL D.; ESQUENAZI, EDUARDO; SANDOVAL-CALDERON, MARIO; KERSTEN, ROLAND D.; PACE, LAURA A.; QUINN, ROBERT A.; DUNCAN, KATHERINE R.; HSU, CHENG-CHIH; FLOROS, DIMITRIOS J.; GAVILAN, RONNIE G.; KLEIGREWE, KARIN; NORTHEN, TRENT; DUTTON, RACHEL J.; PARROT, DELPHINE; CARLSON, ERIN E.; AIGLE, BERTRAND; MICHELSEN, CHARLOTTE F.; JELSBAK, LARS; SOHLENKAMP, CHRISTIAN; PEVZNER, PAVEL; EDLUND, ANNA; MCLEAN, JEFFREY; PIEL, JORN; MURPHY, BRIAN T.; GERWICK, LENA; LIAW, CHIH-CHUANG; YANG, YU-LIANG; HUMPF, HANS-ULRICH; MAANSSON, MARIA; KEYZERS, ROBERT A.; SIMS, AMY C.; JOHNSON, ANDREW R.; SIDEBOTTOM, ASHLEY M.; SEDIO, BRIAN E.; KLITGAARD, ANDREAS; LARSON, CHARLES B.; BOYA P, CRISTOPHER A.; TORRES-MENDOZA, DANIEL; GONZALEZ, DAVID J.; SILVA, DENISE B.; MARQUES, LUCAS M.; DEMARQUE, DANIEL P.; POCIUTE, EGLE; O'NEILL, ELLIS C.; BRIAND, ENORA; HELFRICH, ERIC J. N.; GRANATOSKY, EVE A.; GLUKHOV, EVGENIA; RYFFEL, FLORIAN; HOUSON, HAILEY; MOHIMANI, HOSEIN; KHARBUSH, JENAN J.; ZENG, YI; VORHOLT, JULIA A.; KURITA, KENJI L.; CHARUSANTI, PEP; MCPHAIL, KERRY L.; NIELSEN, KRISTIAN FOG; VUONG, LISA; ELFEKI, MARYAM; TRAXLER, MATTHEW F.; ENGENE, NICLAS; KOYAMA, NOBUHIRO; VINING, OLIVER B.; BARIC, RALPH; SILVA, RICARDO R.; MASCUCH, SAMANTHA J.; TOMASI, SOPHIE; JENKINS, STEFAN; MACHERLA, VENKAT; HOFFMAN, THOMAS; AGARWAL, VINAYAK; WILLIAMS, PHILIP G.; DAI, JINGQUI; NEUPANE, RAM; GURR, JOSHUA; RODRIGUEZ, ANDRES M. C.; LAMSA, ANNE; ZHANG, CHEN; DORRESTEIN, KATHLEEN; DUGGAN, BRENDAN M.; ALMALITI, JEHAD; ALLARD, PIERRE-MARIE; PHAPALE, PRASAD; NOTHIAS, LOUIS-FELIX; ALEXANDROVR, THEODORE; LITAUDON, MARC; WOLFENDER, JEAN-LUC; KYLE, JENNIFER E.; METZ, THOMAS O.; PERYEA, TYLER; NGUYEN, DAC-TRUNG; VANLEER, DANIELLE; SHINN, PAUL; JADHAV, AJIT; MULLER, ROLF; WATERS, KATRINA M.; SHI, WENYUAN; LIU, XUETING; ZHANG, LIXIN; KNIGHT, ROB; JENSEN, PAUL R.; PALSSON, BERNHARD O.; POGLIANO, KIT; LININGTON, ROGER G.; GUTIERREZ, MARCELINO; LOPES, NORBERTO P.; GERWICK, WILLIAM H.; MOORE, BRADLEY S.; DORRESTEIN, PIETER C.; BANDEIRA, NUNO. Sharing and community curation of mass spectrometry data with Global Natural Products Social Molecular Networking. NATURE BIOTECHNOLOGY, v. 34, n. 8, p. 828-837, AUG 2016. Citações Web of Science: 54.
NUNES, TULIO M.; MATEUS, SIDNEI; FAVARIS, ARODI P.; AMARAL, MONICA F. Z. J.; VON ZUBEN, LUCAS G.; CLOSOSKI, GIULIANO C.; BENTO, JOSE M. S.; OLDROYD, BENJAMIN P.; SILVA, RICARDO; ZUCCHI, RONALDO; SILVA, DENISE B.; LOPES, NORBERTO P. Queen signals in a stingless bee: suppression of worker ovary activation and spatial distribution of active compounds. SCIENTIFIC REPORTS, v. 4, DEC 12 2014. Citações Web of Science: 13.

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