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Identificação de assinaturas epigenômicas que definem regiões regulatórias ativas do genoma associadas à diferenciação mesenquimal a partir de células-tronco pluripotentes humanas

Processo: 14/02245-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de maio de 2014
Vigência (Término): 30 de junho de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Pesquisador responsável:Houtan Noushmehr
Beneficiário:Tathiane Maistro Malta Pereira
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:15/07925-5 - Softwares de código aberto contendo ferramentas estatísticas para análise e integração de conjuntos de dados epigenômicos produzidos em alta escala, a fim de decifrar e entender redes reguladoras de câncer, AP.JP
Bolsa(s) vinculada(s):16/01975-3 - Definindo assinaturas epigenômicas de células-tronco em 33 diferentes tipos de tumores em um grupo de mais de 9000 amostras, BE.EP.PD
Assunto(s):Genômica   Biologia computacional   Epigênese genética   Células-tronco embrionárias

Resumo

Para que células-tronco pluripotentes tenham utilização clínica, protocolos eficientes, seguros e reprodutíveis de diferenciação precisam ser estabelecidos a fim de se obter células terminalmente diferenciadas e funcionais, sem risco de formação de tumores. Trabalhos recentes mostram uma variação fenotípica, molecular e na eficiência de diferenciação entre diferentes linhagens de células-tronco embrionárias (ESC) e células-tronco de pluripotência induzida (iPS). Um dos obstáculos para a diferenciação de células pluripotentes consiste no correto remodelamento epigenético que deve ocorrer. Assim, o mapeamento epigenômico de células-tronco pluripotentes pode contribuir para o controle da pluripotência e dos processos de diferenciação em linhagens que são importantes para a aplicação terapêutica. Neste contexto, este projeto visa mapear assinaturas epigenômicas (transcriptoma, metiloma e identificação de regiões regulatórias ativas) de linhagens pluripotentes humanas (ESC e iPS) geradas em nosso país, utilizando metodologias de sequenciamento em larga escala de nova geração. Este tipo de abordagem proporcionará um conjunto completo de dados capaz de caracterizar linhagens celulares brasileiras que servirão de base para futuras investigações destas células para aplicação em terapia celular e estudos envolvendo doenças genéticas e câncer. Mais ainda, este estudo visa mapear a dinâmica epigenética decorrente do comissionamento de células-tronco pluripotentes em resposta a diferenciação mesenquimal. Também visa comparar a eficiência de diferenciação entre diferentes linhagens pluripotentes e correlacionar com alterações epigenéticas decorrentes do processo. A predição de uma assinatura epigenética que favoreça a diferenciação mesenquimal seria de grande relevância para auxiliar na escolha do melhor tipo celular a ser aplicado com finalidade terapêutica.

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre a bolsa:
Estudo abre caminho para personalizar tratamento de tumor no sistema nervoso central 

Publicações científicas (5)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MALTA, TATHIANE M.; DE SOUZA, CAMILA F.; SABEDOT, THAIS S.; SILVA, TIAGO C.; MOSELLA, MARITZA S.; KALKANIS, STEVEN N.; SNYDER, JAMES; CASTRO, ANA VALERIA B.; NOUSHMEHR, HOUTAN. Glioma CpG island methylator phenotype (G-CIMP): biological and clinical implications. NEURO-ONCOLOGY, v. 20, n. 5, p. 608-620, MAY 2018. Citações Web of Science: 4.
DE SOUZA, CAMILA FERREIRA; SABEDOT, THAIS S.; MALTA, TATHIANE M.; STETSON, LINDSAY; MOROZOVA, OLENA; SOKOLOV, ARTEM; LAIRD, PETER W.; WIZNEROWICZ, MACIEJ; IAVARONE, ANTONIO; SNYDER, JAMES; DECARVALHO, ANA; SANBORN, ZACHARY; MCDONALD, KERRIE L.; FRIEDMAN, WILLIAM A.; TIRAPELLI, DANIELA; POISSON, LAILA; MIKKELSEN, TOM; CARLOTTI, JR., CARLOS G.; KALKANIS, STEVEN; ZENKLUSEN, JEAN; SALAMA, SOFIE R.; BARNHOLTZ-SLOAN, JILL S.; NOUSHMEHR, HOUTAN. A Distinct DNA Methylation Shift in a Subset of Glioma CpG Island Methylator Phenotypes during Tumor Recurrence. CELL REPORTS, v. 23, n. 2, p. 637-651, APR 10 2018. Citações Web of Science: 1.
MALTA, TATHIANE M.; SOKOLOV, ARTEM; GENTLES, ANDREW J.; BURZYKOWSKI, TOMASZ; POISSON, LAILA; WEINSTEIN, JOHN N.; KAMINSKA, BOZENA; HUELSKEN, JOERG; OMBERG, LARSSON; GEVAERT, OLIVIER; COLAPRICO, ANTONIO; CZERWINSKA, PATRYCJA; MAZUREK, SYLWIA; MISHRA, LOPA; HEYN, HOLGER; KRASNITZ, ALEX; GODWIN, ANDREW K.; LAZAR, ALEXANDER J.; STUART, JOSHUA M.; HOADLEY, KATHERINE A.; LAIRD, PETER W.; NOUSHMEHR, HOUTAN; WIZNEROWICZ, MACIEJ; NETWORK, CANCER GENOME ATLAS RES. Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation. Cell, v. 173, n. 2, p. 338+, APR 5 2018. Citações Web of Science: 8.
COLAPRICO, ANTONIO; SILVA, TIAGO C.; OLSEN, CATHARINA; GAROFANO, LUCIANO; CAVA, CLAUDIA; GAROLINI, DAVIDE; SABEDOT, THAIS S.; MALTA, TATHIANE M.; PAGNOTTA, STEFANO M.; CASTIGLIONI, ISABELLA; CECCARELLI, MICHELE; BONTEMPI, GIANLUCA; NOUSHMEHR, HOUTAN. TCGAbiolinks: an R/Bioconductor package for integrative analysis of TCGA data. Nucleic Acids Research, v. 44, n. 8 MAY 5 2016. Citações Web of Science: 53.
CECCARELLI, MICHELE; BARTHEL, FLORIS P.; MALTA, TATHIANE M.; SABEDOT, THAIS S.; SALAMA, SOFIE R.; MURRAY, BRADLEY A.; MOROZOVA, OLENA; NEWTON, YULIA; RADENBAUGH, AMIE; PAGNOTTA, STEFANO M.; ANJUM, SAMREEN; WANG, JIGUANG; MANYAM, GANIRAJU; ZOPPOLI, PIETRO; LING, SHIYUN; RAO, ARJUN A.; GRIFFORD, MIA; CHERNIACK, ANDREW D.; ZHANG, HAILEI; POISSON, LAILA; CARLOTTI, JR., CARLOS GILBERTO; TIRAPELLI, DANIELA PRETTI DA CUNHA; RAO, ARVIND; MIKKELSEN, TOM; LAU, CHING C.; YUNG, W. K. ALFRED; RABADAN, RAUL; HUSE, JASON; BRAT, DANIEL J.; LEHMAN, NORMAN L.; BARNHOLTZ-SLOAN, JILL S.; ZHENG, SIYUAN; HESS, KENNETH; RAO, GANESH; MEYERSON, MATTHEW; BEROUKHIM, RAMEEN; COOPER, LEE; AKBANI, REHAN; WRENSCH, MARGARET; HAUSSLER, DAVID; ALDAPE, KENNETH D.; LAIRD, PETER W.; GUTMANN, DAVID H.; NOUSHMEHR, HOUTAN; IAVARONE, ANTONIO; VERHAAK, ROEL G. W.; NETWORK, TCGA RES. Molecular Profiling Reveals Biologically Discrete Subsets and Pathways of Progression in Diffuse Glioma. Cell, v. 164, n. 3, p. 550-563, JAN 28 2016. Citações Web of Science: 309.

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