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Modelos mistos no mapeamento genético usando dados de famílias e plataformas de SNPs

Processo: 12/00316-5
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de junho de 2012
Vigência (Término): 31 de maio de 2014
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Quantitativa
Pesquisador responsável:José Eduardo Krieger
Beneficiário:Nubia Esteban Duarte
Instituição-sede: Faculdade de Medicina (FM). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
Assunto(s):Mapeamento genético   Análise multivariada

Resumo

Atualmente, um dos problemas mais importantes da Genética é a identificação de genes associados com doenças complexas. Um delineamento adequado para esta finalidade corresponde à coleta de dados de famílias e plataformas de marcadores moleculares do tipo SNP (do inglês, Single Nucleotide Polimorphism). Estas plataformas representam uma amostra do genoma de alta dimensão e as técnicas de análises para este tipo de marcadores, quando combinados com dados de família, traz desafios na aplicação de metodologias estatísticas específicas de análise. Destaca-se o problema de múltiplos testes e de difícil detecção de significância de efeito individual de SNP, dado que, em geral, este é pequeno e não gera covariância entre indivíduos.No intuito de selecionar SNPs e estudar seu efeito individual, o modelo misto poligênico tem sido utilizado. Contudo, uma estratégia alternativa é mensurar o efeito simultâneo de conjuntos ordenados de SNPs (haplótipo) e não de SNPs individuais. Neste contexto, a teoria associada ao Gráfico da Variável Adicionada (Hilden Minton, 1995) é relevante já que permite decompor o efeito do SNP em componentes associados a famílias (poligênico) e à população geral (resíduos). Esta teoria tem sido desenvolvida em Duarte (2011) para o caso em que é adicionado ao modelo misto um SNP por vez e sob diferentes cenários de dados simulados. Neste projeto serão realizadas aplicações desta metodologia considerando dados reais e estendendo o estudo para a inclusão de interação entre SNPs (epistasia). Ainda, o modelo proposto será generalizado para situações multivariadas no intuito de encontrar genes que influenciam mais do que um fenótipo (pleiotropia).A motivação para o presente projeto é a análise dos dados que estão sendo coletados no Projeto `` Corações de Baependi" (Processo Fapesp2007/58150-7).

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
JUNIOR LIMA SANTOS, PAULO CALEB; MARCATTO, LEILIANE RODRIGUES; DUARTE, NUBIA ESTEBAN; GADI SOARES, RENATA ALONSO; CASSARO STRUNZ, CELIA MARIA; SCANAVACCA, MAURCIO; KRIEGER, JOSE EDUARDO; PEREIRA, ALEXANDRE COSTA. Development of a pharmacogenetic-based warfarin dosing algorithm and its performance in Brazilian patients: highlighting the importance of population-specific calibration. PHARMACOGENOMICS, v. 16, n. 8, p. 865-876, 2015. Citações Web of Science: 6.

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