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Cooperation for Analysis of Gene Expression - CAGE

Processo: 99/07390-0
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Temático
Vigência: 01 de fevereiro de 2000 - 30 de abril de 2005
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Hugo Aguirre Armelin
Beneficiário:Hugo Aguirre Armelin
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
Auxílios(s) vinculado(s):02/02105-0 - Analysis of gene expression patterns in prostate cancer by microarray technology, AR.EXT
02/00809-0 - Multiresolution analysis for optimal binary filters, AR.EXT
Bolsa(s) vinculada(s):03/05102-4 - Análise da expressão gênica diferencial em tumores de mama com o uso de microarrays, BP.DD
03/02707-2 - Efeitos de peptídeos antimicrobianos em concentrações subinibitorias sobre o perfil de expressão gênica de Xylella Fastidiosa, BP.PD
03/05185-7 - Gerenciamento e análise de dados de microarrays de DNA para identificação de biomarcadores de diagnóstico e prognóstico do câncer de próstata humano, BP.DD
+ mais bolsas vinculadas 03/00740-2 - Papel das proteínas c-Myc e ciclina D1 na transição G0/G1 - S do ciclo celular em células Y1, BP.DR
03/02184-0 - Análise da expressão gênica em câncer de próstata usando cDNA microarray, BP.TT
02/01720-2 - Estudo da função de KEAA no controle do crescimento, desenvolvimento e resposta a estresses em Dictyostelium discoideum, BP.DD
02/01721-9 - Análise estrutural e funcional dos receptores e genes de resistência da cana-de-açúcar, BP.DD
02/02950-1 - Clonagem e caracterização de novos genes candidatos a marcadores de malignidade em tumores de próstata, BP.DD
01/13092-3 - Análise global da expressão gênica de Xylella fastidiosa submetida a estresses ambientais, BP.DD
01/14050-2 - Utilização de microarrays de DNA para o estudo dos mecanismos de patogênese da bactéria Xylella fastidiosa: identificação dos genes regulados por ferro, BP.DD
01/14132-9 - Otimização da técnica de microarrays de DNA visando sua aplicação no estudo da expressão gênica em tumores de próstata humanos, BP.IC
01/11395-9 - Padronização da técnica de microarrays de DNA visando sua aplicação no estudo da expressão gênica em tumores de próstata humanos, BP.IC
01/07047-5 - Projeto Genoma Xanthomonas citri Bioinformática, BP.TT
01/04352-1 - Análise da expressão gênica de câncer de próstata e pulmão usando cDNA microarray, BP.TT
01/02583-6 - Estudo da patogenicidade de Xylella fastidiosa por DNA microarray, BP.IC
00/09759-0 - Uso de bibliotecas de cDNA subtraídas acoplado a microarranjos de cDNA para a análise das alterações do programa transcricional promovido por glicocorticoides na reversão do fenótipo tumoral-normal em células ST1 de glioma de rato, BP.PD
00/10684-4 - Identificação de redes booleanas, BP.MS
00/05329-0 - Analysis of gene expression in prostate and lung cancer using cDNA microarray technology and characterization of new malignant gene markers, BP.PD - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Expressão gênica  Genomas  Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos  Neoplasias 

Resumo

Genomas inteiros e conjuntos completos de ESTs de micro-organismos científica e economicamente importantes, de organismos-modelo relevantes e de humanos estão se tornando disponíveis rapidamente. Para aproveitar estes conjuntos enormes de sequências genômicas e de ESTs, vários laboratórios acadêmicos e industriais estão desenvolvendo tecnologias para analisar a ex¬pressão gênica no nível do RNA abrangendo todo o genoma usando DNA microarrays, também chamados de DNA chips. Estas técnicas têm o potencial de gerar centenas de pontos de dados para a expressão de dezenas de milhares de genes, cujo impacto na pesquisa biológica pode ser revolucionária. A análise de tais enormes quantidades de dados colocam problemas complexos e não solucionados de armazenamento, data mining e projeto de preditores de estados de genes. Como um todo, estas tarefas exigem a colaboração coordenada de, por um lado, cientistas da computação e matemáticos e, por outro, biólogos moleculares e bioquímicos. Para este objetivo, equipes interdisciplinares de cientistas estão sendo organizadas nos países que lideram no momento a pesquisa internacional do genoma. No estado de São Paulo, a FAPESP lançou um programa genoma que foi iniciado pelo sequenciamento da Xylella fastidiosa e agora foi estendido para genomas de outros micro-organismos e ESTs de células cancerígenas humanas e células vegetais de cana de açúcar. Esta iniciativa da FAPESP estabeleceu condições suficientes para disparar um projeto local competitivo de genoma funcional pela tecnologia de DNA microarrays. Esta proposta à FAPESP busca organizar a "Cooperação para Análise de Genes e sua Expressão", CAGE, uma organização informal que coordenará os esforços cooperativos de biólogos moleculares do Instituto de Química (IQ USP) e cientistas da computação e matemáticos do Instituto de Matemática e Estatística (IME- USP), para estudar a expressão gênica pela tecnologia de DNA microarrays. O objetivo imediato é instalar um laboratório equipado para: a) impressão robótica de alta precisão de milhares de pontos de seqüências de cDNA por cm2 em lâminas de vidro (DNA chips); b) desenvolvimento de procedimentos para hibridizar cDNA marcado fluorescentemente em lâminas de DNA; c) rasterização (scanning) em alta velocidade de DNA chips com um microscópio confocal de rasterização fluorescente controlado por computador. Para se ter um acesso rápido a esta tecnologia, nós estamos acertando uma colaboração com o NIH Microarray Project, dirigido pelos Drs. Jeffrey M. Trent e Michael Bittnet do Cancer Genetics Branch, National Human Genome Research Institute (NHGRI), NIH, Bethesda, MA, USA. Os objetivos a curto e longo prazo são analisar a expressão gênica em: a) diversos micro-organismos: Xylella fastidiosa, Dictyostelium discoideum. Xanthomonas campestris, Saccharomyces cerevisiae e Trypanosoma cruzi; b) células de câncer humano e c) ciclo celular de células adrenocorticais. Para cada caso, a justificativa, os objetivos específicos e o projeto experimental serão apresentados em projetos temáticos respectivamente dirigidos por biólogos moleculares experientes do IQ- USP. Para o armazenamento e análise de dados, projetos de pesquisa estão sendo elaborados por uma equipe de pesquisadores seniores e seus associados do IME-USP, buscando o desenvolvimento de novas ferramentas para a modelagem computacional, data mining, análise de clusters e projeto de preditores não lineares. Esta área de pesquisa matemática e computacional se beneficiará de interações com a equipe do DI. E. R. Dougherty no NHGRI e da Texas A&M University, Texas Center for Applied Technology, Department of Electrical Engeneering, Texas, USA, com quem o DI. Junior Barrera, do IME-USP, vem mantendo projetos de pesquisa há alguns anos. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MEIRELES, SIBELE I.; ESTEVES, GUSTAVO H.; HIRATA, JR., ROBERTO; PERI, SURAJ; DEVARAJAN, KARTHIK; SLIFKER, MICHAEL; MOSIER, STACY L.; PENG, JING; VADHANAM, MANICKA V.; HURST, HARRELL E.; NEVES, E. JORDAO; REIS, LUIZ F.; GAIROLA, C. GARY; GUPTA, RAMESH C.; CLAPPER, MARGIE L. Early Changes in Gene Expression Induced by Tobacco Smoke: Evidence for the Importance of Estrogen within Lung Tissue. Cancer Prevention Research, v. 3, n. 6, p. 707-717, JUN 2010. Citações Web of Science: 33.
MEIRELES‚ S.I.; CRISTO‚ E.B.; CARVALHO‚ A.F.; HIRATA‚ R.; PELOSOF‚ A.; GOMES‚ L.I.; MARTINS‚ W.K.; BEGNAMI‚ M.D.; ZITRON‚ C.; MONTAGNINI‚ A.L.; OTHERS. Molecular classifiers for gastric cancer and nonmalignant diseases of the gastric mucosa. Cancer Research, v. 64, n. 4, p. 1255, 2004.

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