Busca avançada
Ano de início
Entree

Softwares de código aberto contendo ferramentas estatísticas para análise e integração de conjuntos de dados epigenômicos produzidos em alta escala, a fim de decifrar e entender redes reguladoras de câncer

Processo: 15/07925-5
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores
Vigência: 01 de junho de 2015 - 31 de maio de 2019
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
Pesquisador responsável:Houtan Noushmehr
Beneficiário:Houtan Noushmehr
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto, SP, Brasil
Pesq. associados:Ana Valeria Castro ; Camila Ferreira de Souza ; Carlos Gilberto Carlotti Jr ; Daniela Pretti da Cunha Tirapelli ; Eduardo Magalhães Rego ; Luciano Neder Serafini ; Miriam Galvonas Jasiulionis ; Tathiane Maistro Malta Pereira
Bolsa(s) vinculada(s):17/08211-1 - Estudo da origem celular do câncer de ovário usando dados genômicos e epigenômicos em larga escala, BP.TT
16/11039-3 - Traçando assinaturas epigenômicas de tumores com fenótipo de ilhas CpG metiladas (CIMP), BP.DR
16/01389-7 - Ferramenta de bioinformática para integrar e compreender as mudanças epigenômicas e genômicas aberrantes associadas com câncer: métodos, desenvolvimento e análise, BP.DD
+ mais bolsas vinculadas 16/06413-3 - Geração de dados epigenômicos de gliomas e de células-tronco com base em plataformas de sequenciamento de larga escala (NGS, Next Generation Sequencing), BP.TT
16/06488-3 - Análise integrativa do epigenoma de gliomas com fenótipo metilador de ilhas CpG (G-CIMP) alto e baixo: caracterização e desenvolvimento, BP.DD
14/08321-3 - Identificação e caracterização de elementos genômicos funcionais associados com a progressão de gliomas de baixo grau a gliomas de alto grau: estudo integrado do genoma e epigenoma, BP.PD
14/02245-3 - Identificação de assinaturas epigenômicas que definem regiões regulatórias ativas do genoma associadas à diferenciação mesenquimal a partir de células-tronco pluripotentes humanas, BP.PD - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Epigenômica  Genômica  Transcriptômica  Neoplasias  Análise de sequência de DNA  Metilação de DNA  Biologia computacional  Análise de sequência de RNA 

Resumo

Características genômicas e epigenômicas nas regiões codificadoras e não-codificadoras do DNA têm sido recentemente descobertas através de avanços das tecnologias de sequenciamento do DNA. Grandes consórcios internacionais (The Cancer Genome Atlas (TCGA), NIH Roadmap e ENCODE) têm investido milhões de dólares na esperança de avançar nosso entendimento acerca do genoma humano utilizando linhagens celulares comumente utilizadas (por exemplo, MCF-7, HMEC, etc), linhagens celulares primárias de tecidos normais (como células-tronco) e patológicos (por exemplo, câncer de cérebro ). Os dados genômicos multi-dimensionais disponíveis são derivados de mais de 10.000 experimentos (mais de 100 terabases de dados desde Projeto 1000 genomas, RNA-seq, ChIP-seq até Metil-seq) obtidos em mais de10.000 linhagens de células/tecidos.Todos estes dados vêm sendo depositados em bancos de dados de domínio público, proporcionando um recurso inestimável para laboratórios de investigação, uma vez que permitem a comparação e a validação de características genômicas e epigenômicas entre seus experimentos de sequenciamento gerados e os disponíveis publicamente. Apesar da sua significativa disponibilidade, os dados são depositados em diferentes repositórios, que apresentam diferentes formatos, tornando-se um desafio localizarem-se e identificarem-se características relevantes. Muitos pesquisadores computacionais iniciantes ou avançados, incluindo a nossa própria equipe, têm aproveitado com sucesso alguns destes dados livremente disponíveis integrando-os e produzindo insights científicos que permitiram a identificação de alterações epigenômicas biologicamente relevantes (Berman et al Natureza Genética 2012 , Coetzee et al. NAR 2012 e Noushmehr et al. Springer 2013). No entanto, entre os muitos problemas enfrentados pela maioria dos pesquisadores nessa área estão a falta de ferramentas adequadas de bioinformática e/ou de habilidade para integrar efetivamente os seus dados de sequenciamento com esses dados públicos de sequenciamento biológicos de valor inestimável. Em parceria com nossos colaboradores nacionais (Life Science/Health), que gerarão mais de 200 dados de metiloma e transcriptomas e com os nossos colaboradores internacionais, iremos desenvolver ferramentas automatizadas para unificar as diversas bases de dados contendo genes regulatórios dos genes, e desenvolver pipelines de metilação poderosas, no entanto de fácil utilização, usando a estrutura de código aberto R / Bioconductor, Rstudio Shiny e do sistema Galaxy baseado na web. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
Painel de biomarcadores pode orientar o tratamento de câncer cerebral 
Índice mede semelhança de tumores com células-tronco pluripotentes 
Estudo abre caminho para personalizar tratamento de tumor no sistema nervoso central 
Mapa da distribuição dos acessos desta página
Para ver o sumário de acessos desta página, clique aqui.