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Caracterização dos mecanismos de ação de RNAs longos não-codificadores envolvidos nos programas de ativação gênica em células humanas

Processo: 14/03620-2
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Temático
Vigência: 01 de julho de 2014 - 30 de junho de 2019
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Sergio Verjovski Almeida
Beneficiário:Sergio Verjovski Almeida
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
Pesq. associados:João Carlos Setubal ; Mari Cleide Sogayar
Bolsa(s) vinculada(s):15/00324-6 - Estudo do controle da expressão gênica do lncRNA INXS envolvido na apoptose, BP.DR
14/25481-4 - Lipossomos como veículo de entrega do lncRNA INXS à células tumorais in vitro e in vivo para indução de apoptose, BP.IC
Assunto(s):Apoptose  Androgênios  Genomas 

Resumo

Nos últimos anos, com os dados de sequenciamento em larga escala do projeto público ENCODE, ficou evidente que até 92% do genoma humano pode ser transcrito, e que as dezenas de milhares de RNAs longos (> 200 nucleotídeos) não-codificadores de proteínas (lncRNAs) catalogados até agora representam a classe mais diversa e mais abundante dos RNAs de uma célula, excetuando os RNAs ribossomais. Apesar disso, apenas cerca de duas dezenas de lncRNAs tiveram seus mecanismos moleculares de ação identificados e caracterizados em detalhe, o que tem revelado seu papel como reguladores da transcrição gênica em mamíferos. O desafio atual é encontrar os modelos experimentais e os processos celulares mais relevantes, buscando lncRNAs que sejam alvos chave nestes processos, e mostrar a perda e o ganho de função, em um determinado tipo celular, quando um destes lncRNAs é deletado ou super expresso. O projeto aqui proposto focaliza três processos celulares relevantes - a resposta ao hormônio andrógeno, a apoptose, e a diferenciação de células-tronco embrionárias humanas em células da crista neural - e tem a vantagem de já haver obtido resultados preliminares sobre três novos lncRNAs que são fortes candidatos a possuir papéis reguladores sobre algumas etapas de cada um destes três processos biológicos. Estes três lncRNAs são, respectivamente, o lincPSA, o INXS e o TFAP2A-AS2. A aplicação de novas tecnologias para detectar a interação entre lncRNAs, proteínas e seus possíveis sítios de ligação no DNA genômico, e a detecção em paralelo das modificações de marcas da cromatina e da atividade transcricional de genes, aqui propostas, permitirão entender o papel de cada um dos três lncRNAs, e o conhecimento destes mecanismos poderá abrir portas para o eventual uso desses lncRNAs como alvos terapêuticos. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
Identificadas moléculas de RNA que regulam ação de hormônio no câncer de próstata 
Matéria(s) publicada(s) na Revista Pesquisa FAPESP sobre o auxílio:
Zika no início da gravidez 
Placenta é mais sensível ao ataque do zika no primeiro trimestre da gestação 

Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DASILVA, LUCAS F.; BECKEDORFF, FELIPE C.; AYUPE, ANA C.; AMARAL, MURILO S.; MESEL, VINICIUS; VIDEIRA, ALEXANDRE; REIS, EDUARDO M.; SETUBAL, JOAO C.; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO. Chromatin Landscape Distinguishes the Genomic Loci of Hundreds of Androgen-Receptor-Associated LincRNAs From the Loci of Non-associated LincRNAs. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, APR 25 2018. Citações Web of Science: 0.
DE CAIRES, JR., LUIZ CARLOS; GOULART, ERNESTO; MELO, UIRASOUTO; HENRIQUE ARAUJO, BRUNO SILVA; ALVIZI, LUCAS; SCHANOSKI, ALESSANDRA SOARES; DE OLIVEIRA, DANYLLO FELIPE; KOBAYASHI, GERSON SHIGERU; GRIESI-OLIVEIRA, KARINA; MUSSO, CAMILA MANSO; AMARAL, MURILOSENA; DASILVA, LUCAS FERREIRA; ASTRAY, RENATO MANCINI; SUAREZ-PATINO, SANDRA FERNANDA; VENTINI, DANIELLA CRISTINA; DA SILVA, SERGIO GOMES; YAMAMOTO, GUILHERME LOPES; EZQUINA, SUZANA; NASLAVSKY, MICHEL SATYA; ALVES SILVA, KAYQUE TELLES; WEINMANN, KARINA; VAN DER LINDEN, VANESSA; VAN DER LINDEN, HELIO; RICARDO DE OLIVEIRA, JOAO MENDES; MARIA ARRAIS, NIVIA RODRIGUES; MELO, ADRIANA; FIGUEIREDO, THALITA; SANTOS, SILVANA; GOES MEIRA, JOANNA CASTRO; PASSOS, SAULO DUARTE; DE ALMEIDA, ROQUE PACHECO; BISPO, ANA JOVINABARRETO; CAVALHEIRO, ESPERABRAO; KALIL, JORGE; CUNHA-NETO, EDECIO; NAKAYA, HELDER; SANTOS, ROBERT ANDREATA; DE SOUZA FERREIRA, LUIS CARLOS; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO; HO, PAULO LEE; PASSOS-BUENO, MARIA RITA; ZATZ, MAYANA. Discordant congenital Zika syndrome twins show differential in vitro viral susceptibility of neural progenitor cells. NATURE COMMUNICATIONS, v. 9, FEB 2 2018. Citações Web of Science: 4.
SHERIDAN, MEGAN A.; YUNUSOV, DINAR; BALARAMAN, VELMURUGAN; ALEXENKO, ANDREI P.; YABE, SHINICHIRO; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO; SCHUST, DANNY J.; FRANZ, ALEXANDER W.; SADOVSKY, YOEL; TOSHIHIKO, EZASHI; ROBERTS, R. MICHAEL. Vulnerability of primitive human placental trophoblast to Zika virus. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 114, n. 9, p. E1587-E1596, FEB 28 2017. Citações Web of Science: 25.
YUNUSOV, DINAR; ANDERSON, LETICIA; DASILVA, LUCAS FERREIRA; WYSOCKA, JOANNA; EZASHI, TOSHIHIKO; ROBERTS, R. MICHAEL; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO. HIPSTR and thousands of lncRNAs are heterogeneously expressed in human embryos, primordial germ cells and stable cell lines. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, SEP 8 2016. Citações Web of Science: 4.

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